如何处理蛋白质中的非共价键相连小分子

1154975925 · 发表于 Post on 2024-8-21 21:35:13

我模拟的蛋白质是1TUB,我仿真的目的是获得它在电场作用下的电偶极矩变化，但是不知道如何处理ASP之后的三个小分子GTP,GDP,TXL，在网上查阅到非共价键相连的小分子可以直接删去，可是删去之后在能量最小化失败，势能为正值，不知是否与我删去这三个小分子有关。

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-22 00:59:53

那叫模拟，不叫仿真

跟删不删没必然联系。操作、设置得当的情况下，不可能因为删了三个非共价结合的小分子就没法正常跑

1154975925 · 发表于 Post on 2024-8-22 20:23:17

sobereva 发表于 2024-8-22 00:59
那叫模拟，不叫仿真

跟删不删没必然联系。操作、设置得当的情况下，不可能因为删了三个非共价结合的小分 ...

我想请教一下，删除这些小分子，会对蛋白质的稳定性产生影响吗，因为我模拟的目的就是探究电场对该蛋白质电偶极矩的影响

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-23 09:02:39

1154975925 发表于 2024-8-22 20:23
我想请教一下，删除这些小分子，会对蛋白质的稳定性产生影响吗，因为我模拟的目的就是探究电场对该蛋白质 ...

是否结合配体，结合位点展现的柔性可能明显不一样。而且某些情况下是否结合配体还有可能影响整个蛋白构象

1154975925 · 发表于 Post on 2024-8-23 10:37:59

sobereva 发表于 2024-8-23 09:02
是否结合配体，结合位点展现的柔性可能明显不一样。而且某些情况下是否结合配体还有可能影响整个蛋白构象

感谢感谢

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-8-23 11:00:44

一般不可能因为删除就失败的. 仔细检查日志文件和结构式,应该可以找到原因

1154975925 · 发表于 Post on 2024-9-2 10:29:45

sobereva 发表于 2024-8-23 09:02
是否结合配体，结合位点展现的柔性可能明显不一样。而且某些情况下是否结合配体还有可能影响整个蛋白构象

想问一下sob老师，配体小分子删除与否，会不会改变他们top文件中小分子以外的原子的原子电荷量。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-3 11:28:25

1154975925 发表于 2024-9-2 10:29
想问一下sob老师，配体小分子删除与否，会不会改变他们top文件中小分子以外的原子的原子电荷量。

看你原子电荷怎么得到的。如果就是用力场库文件里的原子电荷，那原子电荷跟配体毫无关系。如果是你自己通过某种方式对整个簇算的原子电荷，由于小分子和周围残基之间有多多少少的极化和电子转移效应，算出来的结果可能有异，但一般不至于变化太大

1154975925 · 发表于 Post on 2024-9-3 14:50:31

sobereva 发表于 2024-9-3 11:28
看你原子电荷怎么得到的。如果就是用力场库文件里的原子电荷，那原子电荷跟配体毫无关系。如果是你自己通 ...

感谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 如何处理蛋白质中的非共价键相连小分子