求助，请问用orca跑完opt和freq还需要考虑构象吗？

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2024-9-4 12:09:15

大家好，如题
请问用orca跑完opt和freq还需要考虑构象吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-4 12:20:27

“考虑构象”指代不明
这和用什么程序没直接关系
如果你指构象搜索，是另一码事，看Molclus主页（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）里的教程了解相关信息

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-4 15:54:42

opt只能收敛到极小点吧，没有虚频也不意味着你的优化结果就是能量最低的，最严格的方法还是用社长的molclus进行构象搜索

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2024-9-5 09:28:41

本帖最后由不会扣篮的后卫于 2024-9-5 09:29 编辑

sobereva 发表于 2024-9-4 12:20
“考虑构象”指代不明
这和用什么程序没直接关系
如果你指构象搜索，是另一码事，看Molclus主页（http:// ...

感谢卢老师的纠正，我是想请教构象搜索的问题。

卢老师，我按照您Molclus主页的博文，成功运行了Molclus。请教一个新问题，因为我想通过Molclus+Orca，得到优化+振动分析后产生的.hess的文件。
目前我有两个想法：
1.把已经用orca优化好的结构作为初始结构，通过genmer得到20帧的轨迹文件，traj.xyz。然后调用orca跑20个优化任务，
结合isostat.exe得到的最低能量结构来跑1个优化+振动分析任务，产生最终的.hess的文件。
2.把已经用orca优化好的结构作为初始结构，通过genmer得到20帧的轨迹文件，traj.xyz。然后调用orca跑20个优化+振动分析任务，
结合isostat.exe得到最低能量结构的.hess的文件。

由于优化+振动计算会很耗时，我倾向于想法1。
请问卢老师，这两个想法的最后输出.hess的文件应该是一致的，对吗？

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2024-9-5 09:29:00

2877321934 发表于 2024-9-4 15:54
opt只能收敛到极小点吧，没有虚频也不意味着你的优化结果就是能量最低的，最严格的方法还是用社长的molclus ...

谢谢老师的建议！

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 10:55:56

不会扣篮的后卫发表于 2024-9-5 09:28
感谢卢老师的纠正，我是想请教构象搜索的问题。

严格来说应当对比自由能，而自由能的顺序和电子能量的顺序有可能不同。因此用1的方式，有可能导致自由能最低的结构被忽略掉了。
最省事又可靠的做法，是先用molclus调用ORCA做批量优化，用isostat去重后取能量最低的几个（和能量最低那个能量差异不大的都应当考虑），然后再对这几个做振动分析，再对比它们的自由能取自由能最低那个。

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2024-9-5 12:46:38

sobereva 发表于 2024-9-5 10:55
严格来说应当对比自由能，而自由能的顺序和电子能量的顺序有可能不同。因此用1的方式，有可能导致自由能 ...

谢谢卢老师！

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-5 13:34:59

sobereva 发表于 2024-9-5 10:55
严格来说应当对比自由能，而自由能的顺序和电子能量的顺序有可能不同。因此用1的方式，有可能导致自由能 ...

不过老师，这样做相当于不用算高精度单点，算出来的自由能能拿来用吗？我发现是否使用高精度单点计算可能会对最终的构象分布产生定性区别，例如我自己的一个结构，使用wb97xd/6-31G*批量优化结构和算频率,再使用wb97xd/def2-TZVPP计算单点，再用这样得到的自由能来算Boltzmann分布，后来我尝试过把计算单点的基组换小换成def2-TZVP，发现本来计算出来占比最多的结构变成第二了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 23:59:40

2877321934 发表于 2024-9-5 13:34
不过老师，这样做相当于不用算高精度单点，算出来的自由能能拿来用吗？我发现是否使用高精度单点计算可能 ...

优化用的级别不够高就必须算高精度单点

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