求教，gromacs矩形盒子能否设置x，y方向盒子大小固定，z方向上压强固定

cavalier · 发表于 Post on 2020-2-4 11:39:40

如题，求教gromacs矩形盒子能否设置x，y方向盒子大小固定，z方向上压强固定
我的体系是一个碳纳米管，管子是沿着z轴的，本来用各向同性的NPT系宗，但是由于盒子变化剧烈,管子固定导致跟着盒子一起缩放，管子规格就不停变。
所以我想，如果x和y方向盒子大小不变，仅z轴方向压强耦合，就能避免问题了。

realjun.zhou · 发表于 Post on 2020-2-4 14:05:05

你可以将pcoupltype设为semiisotropic, x y 方向的compressibility设为0，这样就能实现你要的结果。

论坛里有这种情况，参考这个帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-6235-1-1.html

cavalier · 发表于 Post on 2020-4-13 11:04:29

realjun.zhou 发表于 2020-2-4 14:05
你可以将pcoupltype设为semiisotropic, x y 方向的compressibility设为0，这样就能实现你要的结果。

论 ...

之前在忙别的事了，谢谢！最近又重新开始纠结压强耦合的事

1900 · 发表于 Post on 2020-11-11 16:51:12

你好，我有一个问题想问一下你。你的纳米管是沿z轴的，请问为什么要在xy方向上维持盒子大小不变，z方向上压强不变？

benzon222 · 发表于 Post on 2021-10-10 05:25:49

realjun.zhou 发表于 2020-2-4 14:05
你可以将pcoupltype设为semiisotropic, x y 方向的compressibility设为0，这样就能实现你要的结果。

论 ...

我也由此疑惑，非常感谢解答！另附上官方说明：

The value for the z-compressibility should be reasonably accurate since it influences the convergence of the surface-tension, it can also be set to zero to have a box with constant height.

cuicuishark · 发表于 Post on 2024-9-14 08:59:22

本帖最后由 cuicuishark 于 2024-9-14 09:26 编辑

感谢楼主帖子，问题已解决

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求教，gromacs矩形盒子能否设置x，y方向盒子大小固定，z方向上压强固定

浏览过的版块