计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 26417|回复 Reply: 15
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] freeze纳米管的情况下跑npt报lincs warning错误

[复制链接 Copy URL]

326

帖子

0

威望

5308

eV
积分
5634

Level 6 (一方通行)

各位前辈,小弟在模拟二氧化硅纳米管,想把纳米管freeze的情况下,对管长方向控压,跑个npt,使水达到合适的密度,但是体系报lincs warning的错
如果去掉纳米管的freeze则没问题,如果直接跑nvt也没问题。
以下是控压部分的mdp:
; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl              =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype          =  semiisotropic
tau_p               =  2.0 2.0
compressibility     =  0 4.5e-5
ref_p               =  0 1.0
refcoord_scaling    = all


请各位大侠指教,如何在freeze纳米管的情况下跑npt

294

帖子

0

威望

3536

eV
积分
3830

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2017-6-29 16:19:39 | 只看该作者 Only view this author
mdp中有个
你在设置的时候,不考虑  二氧化硅纳米管 这个 group 之间的相互作用

11.jpg (121.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 92)

11.jpg

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124708

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2017-6-29 21:31:48 | 只看该作者 Only view this author
控压和freeze一起用容易出问题,可以尝试用2L方式解决,或者你改成限制(restraint)而非冻结也能解决
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

326

帖子

0

威望

5308

eV
积分
5634

Level 6 (一方通行)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-30 08:47:25 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2017-6-29 16:19
mdp中有个
你在设置的时候,不考虑  二氧化硅纳米管 这个 group 之间的相互作用

多谢,但是按如下mdp设置后,提示warning:Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups
请问可能是什么原因?
; Energy monitoring
energygrps          =  BOT SOL
energygrp_excl      =  BOT BOT SOL SOL

; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl              =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype          =  semiisotropic
tau_p               =  2.0 2.0
compressibility     =  0 4.5e-5
ref_p               =  0 1.0
refcoord_scaling    = all
freezegrps          = BOT
freezedim           = Y  Y  Y
periodic_molecules  = yes

294

帖子

0

威望

3536

eV
积分
3830

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2017-6-30 09:12:04 | 只看该作者 Only view this author

326

帖子

0

威望

5308

eV
积分
5634

Level 6 (一方通行)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-30 09:24:23 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2017-6-30 09:12
直接忽略这个warning
https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2011-June/062513.h ...

用-maxwarn 1忽略之后跑npt还是报lincs warning...

294

帖子

0

威望

3536

eV
积分
3830

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2017-6-30 09:27:48 | 只看该作者 Only view this author
这个我就不清楚了!我一般情况下是可以解决的,是不是版本或者是其它的问题,建议你试试Sob老师说的那个 constraints 的方法

326

帖子

0

威望

5308

eV
积分
5634

Level 6 (一方通行)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-30 09:30:57 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2017-6-30 09:27
这个我就不清楚了!我一般情况下是可以解决的,是不是版本或者是其它的问题,建议你试试Sob老师说的那个 co ...

恩,正在看这个方法呢,多谢了^_^

326

帖子

0

威望

5308

eV
积分
5634

Level 6 (一方通行)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-30 09:32:35 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2017-6-30 09:27
这个我就不清楚了!我一般情况下是可以解决的,是不是版本或者是其它的问题,建议你试试Sob老师说的那个 co ...

你用的版本是多少?

43

帖子

0

威望

197

eV
积分
240

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2020-4-13 11:18:25 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2017-6-30 08:47
多谢,但是按如下mdp设置后,提示warning:Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy g ...

  我在进行类似模拟时发现有下面这个note,是不是一定要用 Berendsen pressure
  coupling。总之我注意到你也是用Parrinello-Rahman pressure
  coupling的。
NOTE:
  You are combining position restraints with Parrinello-Rahman pressure
  coupling, which can lead to instabilities. If you really want to combine
  position restraints with pressure coupling, we suggest to use Berendsen
  pressure coupling instead.
其实我不明白为什么Parrinello-Rahman pressure
  coupling不行,两种方法有什么区别呢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124708

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2020-4-15 00:38:28 | 只看该作者 Only view this author
cavalier 发表于 2020-4-13 11:18
我在进行类似模拟时发现有下面这个note,是不是一定要用 Berendsen pressure
  coupling。总之我注意 ...

本来也没必要非得用PR压浴,对于一般体系并不会体现出比berendsen有显著好处,对于当前情况如提示所示还有不稳定的可能,没必要纠结于此
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

43

帖子

0

威望

197

eV
积分
240

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2020-4-16 11:51:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-15 00:38
本来也没必要非得用PR压浴,对于一般体系并不会体现出比berendsen有显著好处,对于当前情况如提示所示还 ...

感谢sob老师!
然而在此基础上,我仍然有两个问题,请问:
1.两种压浴算法上到底有何差别,适用情况如何判断?虽然关于算法,手册上有提到,但是看得不是很明白,当然我还会继续仔细的研究。
2.refcoord_scaling选项的算法原理是什么?这个选项我倒确实没找到比较详细的介绍。里面有三个选项,no,all,com。主要是all和com有什么区别,当然,如果知道算法,我想应该就能判断区别了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124708

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2020-4-16 13:41:28 | 只看该作者 Only view this author
cavalier 发表于 2020-4-16 11:51
感谢sob老师!
然而在此基础上,我仍然有两个问题,请问:
1.两种压浴算法上到底有何差别,适用情况如 ...

1 PR压浴适合产生相模拟,好处是可以产生严格正确的NPT系综,但不适合平衡相,因为容易震荡。Berendsen压浴的诟病是没法产生精确的NPT系综,但体系粒子数较多的情况下这个问题可以忽略不计。

2
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

43

帖子

0

威望

197

eV
积分
240

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2020-4-17 10:53:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cavalier 于 2020-4-17 10:57 编辑
sobereva 发表于 2020-4-16 13:41
1 PR压浴适合产生相模拟,好处是可以产生严格正确的NPT系综,但不适合平衡相,因为容易震荡。Berendsen压 ...

感谢sob老师!上述问题我基本明白了。
经检查:我测试发现,两种压浴算法,无论ref-p设置为1bar,还是较高的1500bar,甚至10000bar,通过简单观察log文件里记录的压强,发现确实涨落都很大,几十或几百bar不等(确实PR压浴涨落更大)。
我的体系原先是简单的bulk水里悬浮着一个碳纳米管,本意是通过加压研究一些受限的冰相,现在看来,是不是不太可靠了?毕竟如果ref-p设置为1bar,一涨一落相差个几百bar,误差也太大了吧。
我计划构建一个在管的两边各加石墨板的系统,xyz均冻结石墨烯(因为这样板不会变形),然后施加加速度。这样肯定可以施加一个比较稳定的压强了吧。但是我有个小疑惑,明明已经冻结了,为什么加加速度就能让板动起来呢,那这样压力怎么算呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124708

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2020-4-19 00:45:45 | 只看该作者 Only view this author
cavalier 发表于 2020-4-17 10:53
感谢sob老师!上述问题我基本明白了。
经检查:我测试发现,两种压浴算法,无论ref-p设置为1bar,还是较 ...

涨落几百bar是非常正常的事情,你做模拟做多了就更清楚这点了。需要关注的是平均压力,不要管瞬时压力。体系越大涨落越小。
如果你把板用freeze冻结了,还把它设成加速度的组,理应不会动起来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 23:00 , Processed in 1.160570 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list