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[xtb] xtb跑MD时如何每步输出molden.inp文件

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各位老师好,小弟最近在用xtb跑动力学,发现有反应的发生,然后想参考《通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程》(http://sobereva.com/200)分析一下反应过程。发现写上--molden关键词后只输出了一个molden.inp文件。想咨询下各位老师,xtb能否每步都输出molden.inp文件呢?

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发表于 Post on 2021-1-9 13:12:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2021-1-9 13:18 编辑

跑动力学后会有轨迹文件,你从中抽出若干帧批量算单点即可 (写个小脚本)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-9 14:23:10 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2021-1-9 13:12
跑动力学后会有轨迹文件,你从中抽出若干帧批量算单点即可 (写个小脚本)

太牛了,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-1-9 17:11:13 | 只看该作者 Only view this author
顺带一提,GFN-xTB的波函数质量不太高(比如对于个别情况,甚至该有键临界点的地方居然没有),如果发现用Multiwfn做分析的结果不理想,建议再用DFT算各帧的波函数进行分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-9 18:17:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-9 17:11
顺带一提,GFN-xTB的波函数质量不太高(比如对于个别情况,甚至该有键临界点的地方居然没有),如果发现用M ...

好的,非常感谢老师的建议

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发表于 Post on 2023-11-14 21:57:13 | 只看该作者 Only view this author
请问在win上跑xtb的命令是啥啊?您知道吗?或者在linux上跑的命令是啥啊?我想借鉴一下

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发表于 Post on 2023-11-14 23:17:35 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2023-11-14 14:57
请问在win上跑xtb的命令是啥啊?您知道吗?或者在linux上跑的命令是啥啊?我想借鉴一下

https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/setup.html#
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-11-15 09:04:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-14 23:17
https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/setup.html#

谢谢苹果老师

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发表于 Post on 2024-9-26 19:24:48 | 只看该作者 Only view this author
大佬,请问这个问题你会处理了吗
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