关于GROMACS2019.5版的控压

yihanxu

各位老师好，我从别人那里拿到一个mdp文件（内容如下），和我说是控压了的，但我看控压语句前都是;啊，不明白怎么就实现控压了，也没看出2019.5版是默认的给控压了。想请各位老师指教一下这个到底实现了控压吗；如果是，用的是什么控压方法；如果没控压为什么压力随时间的变化看起来也有规律呢。谢谢。体系压力如图，用后半段算得平均值是-24bar。
;       Input file
title               =  CTAC-NaSal-45
;define             = -DPOSRES
cpp                 =  cpp
constraints         =  all-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  1000000 ; 2 ns
nstxout             =  10000
nstvout             =  10000
nstfout             =  10000
nstlog              =  10000
nstenergy           =  500
;nstxtcout           =  500
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME
cutoff-scheme            = Verlet
rlist               =  1.2
rcoulomb            =  1.2
rvdw                =  1.2
pbc                 = xyz
optimize_fft        = yes
nstcomm             = 1
comm-grps           = System
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl              =  v-rescale
tc-grps             =  system
tau_t               =  0.1   
ref_t               =  298  
; Energy monitoring
energygrps          =   SOL MEI dan3
; Semiisotropic pressure coupling is now on
;Pcoupl              =  Berendsen
;Pcoupltype          =  isotropic
;tau_p               =  1.0     ;  1      ; 5      5       5       5
;compressibility     =  4.5e-5   ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0       0       0
;ref_p               =  1.0     ; 1.0    ; 1.0    0       0       0
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  298
gen_seed            =  173529
-----------------updates------------------------
体系有真空层，所以应该没有用控压。

Frozen-Penguin

1.这个mdp没有控压
2.即使用了控压，模拟过程中的压力变化也会非常大，所以一般用密度是否稳定来判断控压的效果

xishaofan

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-29 15:52
1.这个mdp没有控压
2.即使用了控压，模拟过程中的压力变化也会非常大，所以一般用密度是否稳定来判断控压 ...

你好 请问怎么看有没有控压