构建环肽后在模拟中断开

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-28 19:00:43

我使用pymol构建了一个环肽[url=]CFTISD-[RGDLATLK](见附件)来和蛋白质对接；为了得到一个相对良好的多肽结构，我使用amber14sb_parmbsc1.ff力场来描述，并依照教程溶菌酶水溶液 (mdtutorials.com)的步骤依次对其进行溶剂化、添加离子(输入的命令和教程一模一样)，这几步输出的gro文件中环肽的结构都有环状；但在能量最小化时环肽却断开了。请问有什么解决方式吗？

xinlanyh · 发表于 Post on 2024-9-28 20:38:55

断开肯定是拓扑关系没定义好，检查拓扑里的成键关系是不是对的。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-9-28 23:45:16

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-9-28 23:47 编辑

是用pdb2gmx建的拓扑文件吗，这种方法只能处理首尾相连的大环肽，侧链成环的肽要自己手动改拓扑

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-29 10:44:41

xinlanyh 发表于 2024-9-28 20:38
断开肯定是拓扑关系没定义好，检查拓扑里的成键关系是不是对的。

看了一下，还真是拓扑有问题；pymol居然显示的是正确的；离谱

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-29 10:45:11

Seyilaxa 发表于 2024-9-28 23:45
是用pdb2gmx建的拓扑文件吗，这种方法只能处理首尾相连的大环肽，侧链成环的肽要自己手动改拓扑

好滴好滴，我手动试试

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-29 11:06:06

乐乐乐发表于 2024-9-29 10:44
看了一下，还真是拓扑有问题；pymol居然显示的是正确的；离谱

可视化软件如pymol通常是按距离判断成键的，gmx模拟是看拓朴的。目的不同，要检查的文件自然不同。

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-29 14:17:24

Seyilaxa 发表于 2024-9-28 23:45
是用pdb2gmx建的拓扑文件吗，这种方法只能处理首尾相连的大环肽，侧链成环的肽要自己手动改拓扑

请问首尾相连的环肽，用pdb2mgx怎么建拓扑呀？看了就算是简单的环肽，还是失败了

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