求助：如何统计碳杂化类型以及不同尺寸环的数量

pumpkin111 · 发表于 Post on 2024-9-4 11:23:05

用LAMMPS做聚合物碳化的MD模拟，请问各位老师，如果想统计碳杂化类型，不同尺寸环数量，是通过Lammps命令直接输出的吗？还是通过软件对于轨迹文件进行后处理得到的呢？
想得到的图类似于这样的：

lyj714 · 发表于 Post on 2024-9-4 11:32:46

自己写程序统计。后者我倒是写过环类型数目识别程序，前者也只需要通过成键关系也可统计。

pumpkin111 · 发表于 Post on 2024-9-4 14:37:14

lyj714 发表于 2024-9-4 11:32
自己写程序统计。后者我倒是写过环类型数目识别程序，前者也只需要通过成键关系也可统计。

我是刚开始接触这部分，请问自己编写程序具体是怎么做的呢？可以详细解释一下吗？辛苦您了

crisp · 发表于 Post on 2024-9-30 11:46:18

pumpkin111 发表于 2024-9-4 14:37
我是刚开始接触这部分，请问自己编写程序具体是怎么做的呢？可以详细解释一下吗？辛苦您了

你好这个问题解决了嘛我目前也遇到统计碳环的问题

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