GROMACS中如何处理环状DNA？

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2024-4-6 18:46:30

本帖最后由不想飞的猫头鹰于 2024-4-6 18:50 编辑

最近看到https://doi.org/10.1016/j.str.2006.08.004的环状dna，SI中给出了结构，这里我也附上一个结构，想跑个动力学试试，但是发现直接选择5'和3'就会把环链打断，这时候应该怎么处理呢？之前看过sob老师的http://sobereva.com/22《gromacs和amber处理环肽的办法》，用gmx pdb2gmx -f l8r.pdb -ter -ignh，用的charmm36力场，选none的话会产生悬挂键，不知道有没有类似处理环核酸的办法？

乐乐乐 · 发表于 Post on 2024-9-28 19:59:04

你好，请问您解决了吗

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2024-9-29 11:39:58

乐乐乐发表于 2024-9-28 19:59
你好，请问您解决了吗

没找到办法，感觉动力学好难

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-29 14:03:15

试试CHARMM GUI,我看到它有环肽的选项.

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2024-9-30 12:54:15

Loading0760 发表于 2024-9-29 14:03
试试CHARMM GUI,我看到它有环肽的选项.

嗯嗯，charmm-gui说pdb格式有问题，作者给出的pdb格式确实不是常规从rcsb下载的形式。环形dna目前好像还是不行

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