计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 84|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助:请问一下IRC曲线出现多个弯,正常吗?

[复制链接 Copy URL]

41

帖子

0

威望

116

eV
积分
157

Level 3 能力者

在过渡态搜索时,找到了过渡态,但是跑IRC时发现有多个弧度,请问一下这样的过渡态是否正确?或者是IRC搜索出现了什么问题?为了查看过渡态的趋势,先用半经验方法PM6试出来的过渡态,IRC也是半经验跑出来的。是否与精度有关?


41

帖子

0

威望

116

eV
积分
157

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-19 20:51:35 | 只看该作者 Only view this author
%nprocshared=32
%mem=20GB
%chk=D:\G16W\Scratch\gv11_19_2024_20_50_53\Preview_ml5ej.chk
# irc=(calcfc,maxpoints=400,lqa) upm6 nosymm

Title Card Required

1 1
Ti              -1   -4.68100500   -2.78520800   -1.38874500
O               -1   -6.62179200   -2.78059500   -1.38872300
Ti              -1   -1.82516700   -4.88217000   -1.38874500
O               -1   -1.23966700   -6.73253900   -1.38872400
O               -1   -4.80718800   -4.12944400   -2.71692300
O               -1   -3.06992300   -5.40500700   -0.06052300
O               -1   -4.80715800   -4.12940400   -0.06052300
O               -1   -3.06995200   -5.40504700   -2.71692300
O               -1   -2.72614600   -3.11605400   -1.38876200
C               -1   -4.07827200   -4.95750500   -3.16141900
H               -1   -4.31411800   -5.44536600   -4.16440900
C               -1   -4.07823200   -4.95745100    0.38398100
H               -1   -4.47307400   -5.32851900    1.38699100
Ti              -1    0.90367300   -4.46427200   -1.38874500
O               -1    0.89906000   -6.40505900   -1.38872300
Ti              -1    3.00103400   -1.60834500   -1.38892600
O               -1    4.85101000   -1.02294700   -1.38891100
O               -1   -0.53529700   -4.18630400   -2.72237000
O               -1   -0.53526700   -4.18626400   -0.05517000
O               -1    2.24790900   -4.59045500   -2.71692300
O               -1    3.52335500   -2.85321900   -0.06050300
O               -1    2.24786900   -4.59042500   -0.06052300
O               -1    3.52349900   -2.85325700   -2.71689000
O               -1    1.23451400   -2.50940300   -1.38874500
C               -1   -0.05836800   -7.29885900   -1.38872900
H               -1    0.19869900   -8.40943700   -1.38871500
C               -1    3.07594700   -3.86151000   -3.16145700
H               -1    3.56383100   -4.09738500   -4.16440900
C               -1    3.07591600   -3.86149900    0.38398100
H               -1    3.44699000   -4.25634100    1.38698900
Ti              -1   -3.00184300    2.79981700   -1.38877400
O               -1   -2.99739300    4.74025800   -1.38862300
Ti              -1   -5.09890300   -0.05636800   -1.38874500
O               -1   -6.94927200   -0.64186800   -1.38872400
O               -1   -4.40303700   -1.34623800   -2.72237000
O               -1   -4.40299700   -1.34626800   -0.05517000
O               -1   -4.34628100    2.92574600   -2.71680300
O               -1   -5.62174000    1.18838800   -0.06052300
O               -1   -4.34615400    2.92551800   -0.06053000
O               -1   -5.62178000    1.18841700   -2.71692300
O               -1   -3.33276300    0.84460700   -1.38879100
C               -1   -7.51559200   -1.82316700   -1.38872900
H               -1   -8.62617000   -2.08023400   -1.38871500
C               -1   -5.17415700    2.19670000   -3.16150900
H               -1   -5.66209900    2.43258300   -4.16440900
C               -1   -5.17418400    2.19669700    0.38398100
H               -1   -5.54525200    2.59153900    1.38699100
Ti              -1    2.58153700    1.12142400   -1.38885500
O               -1    4.52352300    1.11557000   -1.38864100
Ti              -1   -0.27326600    3.21708500   -1.38884600
O               -1   -0.85841400    5.06790200   -1.38877500
O               -1    2.30526900   -0.31904700   -2.72193700
O               -1   -1.56293500    2.52147000   -2.72238400
O               -1    2.30483300   -0.31867500   -0.05526800
O               -1   -1.56293600    2.52142000   -0.05499500
O               -1    2.70891600    2.46398100   -2.71759700
O               -1    0.97157300    3.74005700   -2.71711900
O               -1    0.62796200    1.45134500   -1.38845100
C               -1    5.41734500    0.15829700   -1.38825200
H               -1    6.52789500    0.41550500   -1.38903600
C               -1   -2.03996400    5.63392100   -1.38866000
H               -1   -2.29696700    6.74463500   -1.38876200
C               -1    1.98031700    3.29321300   -3.16082200
H               -1    2.21585000    3.78056400   -4.16440900
H               -1    0.04026600    0.65097800   -1.38936200
H               -1   -2.53251300    0.25699900   -1.38910000
H               -1    0.43424500   -1.92180100   -1.38910000
H               -1   -2.13853400   -2.31578000   -1.38910000
C                0    4.76398400    7.26682100    0.63389000
C                0    5.32865300    5.95117600    0.09040800
C                0    4.20557900    4.94267700   -0.17250400
C                0    3.35762300    4.67336500    1.08531600
C                0    2.82836300    5.99741700    1.69158000
C                0    3.96836800    7.01624800    1.91570400
C                0    2.18262800    5.76100800    3.05030600
O                0    1.57705200    6.88695900    3.48779800
O                0    1.39018400    3.26055100    1.73304100
C                0    2.18885100    3.73735600    0.74207800
O                0    2.19457600    4.72238000    3.69444400
O                0    1.63080100    3.75633200   -0.38873100
C                0    0.94103400    6.88661800    4.81868500
C                0    1.11160200    8.26580300    6.90216800
C                0    1.92042700    7.54328700    5.80418100
C                0    1.92330300    9.36801800    7.59454300
C                0    1.13019700   10.01865400    8.73593000
C                0    2.88875600    6.49119000    6.38420200
C                0    4.21530500    7.09535100    6.83308800
C                0    1.93336100   11.12106900    9.42137600
H                0    4.12373800    7.75297800   -0.12842500
H                0    5.58534500    7.98268200    0.83573100
H                0    5.88844300    6.13751500   -0.84714300
H                0    6.06570200    5.53104300    0.80236400
H                0    4.65104300    3.98257300   -0.52013200
H                0    3.55785100    5.31568700   -0.99140600
H                0    4.00602300    4.16869600    1.85344300
H                0    2.07284400    6.45116200    0.99793500
H                0    4.64870600    6.65689000    2.71425000
H                0    3.53412600    7.96789200    2.28962300
H                0    1.76742100    3.31844200    2.68005000
H                0    0.65185200    5.85801300    5.09268600
H                0    0.04364400    7.49963900    4.61651400
H                0    0.75766200    7.53260000    7.65330600
H                0    0.19569500    8.71539700    6.46933300
H                0    2.51198900    8.30339500    5.23198700
H                0    2.87384800    8.94393000    7.99028600
H                0    2.22313700   10.13864200    6.85890800
H                0    0.84023800    9.25134800    9.48075500
H                0    0.18048200   10.43642100    8.34766500
H                0    2.41047900    5.96893900    7.23690100
H                0    3.08273000    5.69938800    5.63073900
H                0    4.76746600    7.54246600    6.00040600
H                0    4.86134000    6.33771300    7.29104100
H                0    4.05669200    7.88728300    7.58559100
H                0    1.35920800   11.58103400   10.23467200
H                0    2.20497100   11.92092100    8.72304800
H                0    2.86236100   10.73642500    9.85745300
H                0    2.09750300   -0.20194900    0.90074200
C                0    8.69701000    1.43972400   -1.22407700
H                0    7.97653100    0.70326400   -1.61803400
H                0    9.15658800    1.94032100   -2.08699800
H                0    9.49685000    0.88146000   -0.71930000
C                0    8.03268700    2.44596000   -0.28821600
H                0    7.27826500    3.03374800   -0.84879500
H                0    8.78328100    3.19187700    0.04433100
C                0    7.39783200    1.77245600    0.94011400
H                0    8.04205100    1.94299900    1.82620500
H                0    7.39297500    0.67235200    0.82109500
C                0    5.97939900    2.28689300    1.22784700
H                0    6.03236800    3.16304900    1.90255900
H                0    5.51193600    2.67759000    0.29422200
C                0    5.07224600    1.20187600    1.83530300
H                0    5.23281900    0.24750000    1.28435000
C                0    5.45569200    0.94741300    3.31292000
H                0    6.55793900    0.84635700    3.38799400
H                0    5.20473500    1.83053800    3.93321900
C                0    4.80060500   -0.29962600    3.89837400
H                0    5.17116900   -0.49232200    4.91484400
H                0    3.71233400   -0.20114200    3.97529700
H                0    5.01759700   -1.19402700    3.30463100
C                0    3.57747300    1.59863200    1.78157000
H                0    3.40019400    2.43064800    2.50503300
H                0    2.93974400    0.74912300    2.11797100
O                0    3.10406400    2.03378700    0.51648400

285

帖子

0

威望

1807

eV
积分
2092

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2024-11-19 21:43:09 | 只看该作者 Only view this author
《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》
http://sobereva.com/400
里面有类似的例子

127

帖子

3

威望

776

eV
积分
963

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
你只是作为学习的话 半经验没关系,整体趋势是对的,但是可能方法精度不高吧

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
中途拐弯并没有什么必然问题,通常暗示反应过程有多个stage,可以从电子结构重排/成键方式改变的角度讨论原因。但图中央过渡态位置的曲线显得很尖,如果放大了看就是个尖峰,那倒是有问题。

PM6的精度有限,不代表DFT得到的IRC曲线也能类似。如果怀疑结果,应当用DFT跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

41

帖子

0

威望

116

eV
积分
157

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-11-19 21:43
《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》
http://sobereva.com/400
里面有类似的例子

好嘞 十分感谢老师

41

帖子

0

威望

116

eV
积分
157

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-20 05:38
中途拐弯并没有什么必然问题,通常暗示反应过程有多个stage,可以从电子结构重排/成键方式改变的角度讨论原 ...

十分感谢sob老师,我多尝试一下~

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 06:36 , Processed in 0.179691 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list