求助进行蛋白质-配体对接时出现 no such moleculetype ligand

nitp7034

最近接触gromacs，按照教程尝试，但能力有限，找不到问题所在，故而求助。
操作流程如下：

1.gmx pdb2gmx -f 3nsn.pdb -o 3nsn.gro -water spc -ignh （进行蛋白质拓扑）


选择的力场为6，即amber99sb-ildn
2.获得3nsn.gro posre.itp topol.top文件
3.使用sobtop处理配体文件得到 ligand.gro ligand.top ligand.itp文件
4.将3nsn.gro 复制并重命名为complex.gro，然后将ligand.gro坐标部分复制粘贴到complex.gro，并修改总分子数
5.在topol.top中#include "posre.itp" 和#include "amber99sb-ildn.ff/spc.itp" 中间添加一行 #include "ligand.itp"


ligand.gro前10行代码内容为

ligand

   116

    1MOL     C1    1   2.799   0.804   1.601

    1MOL     C2    2   2.909   0.734   1.689

    1MOL     C3    3   2.948   0.586   1.649

    1MOL     C4    4   2.883   0.533   1.518

    1MOL     C5    5   2.848   0.652   1.429

    1MOL     C6    6   2.805   0.605   1.290

    1MOL     C7    7   3.126   0.818   1.782

    1MOL     C8    8   3.239   0.919   1.760

于是把

1. [ molecules ]
   
2. ; Compound        #mols
   
3. Protein_chain_A     1
   

复制代码

修改为

1. [ molecules ]
   
2. ; Compound        #mols
   
3. Protein_chain_A     1
   
4. MOL                 1

复制代码

6.gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0（定义单元盒子，得到newbox.gro）
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro（填充溶剂水）


7.gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o next.tpr（添加离子）
此时系统报错:Invalid order for directive atomtypes
按照网上教程我直接把 ligand.itp全部剪切到 ligand.top，这也导致 ligand.itp变成了一个空文件（问：我不理解这ligand.itp文件的存在意义，我都在top文件里加上 #include "ligand.itp" 为何还会如此繁琐）
重新输入gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o next.tpr
再次报错

1. ERROR 1 [file topol.top, line 86749]:
   
2.   No such moleculetype ligand
   
3. 
   
4. 
   
5. There was 1 note
   
6. 
   
7. -------------------------------------------------------
   
8. Program:     gmx grompp, version 2020.6-MODIFIED
   
9. Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\toppush.cpp (line 2511)
   
10. 
    
11. Fatal error:
    
12. There was 1 error in input file(s)
    
13. 
    
14. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
    
15. website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

复制代码

已经花了好几个小时去解决还是没有结果，近乎崩溃。在gromacs官网蛋白质-配体复合物章节中提到还需要用到prm文件，和这个有关系吗？

sobereva

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

sobereva

你说的那个根本就不叫gromacs的官网，http://bbs.keinsci.com/thread-48043-1-2.html专门说了那个网站是什么

No such moleculetype ligand说明缺乏[moleculetype]字段对名为ligand的分子类型进行定义

你当前最欠缺的就是gromacs的基础使用知识，这么反复碰壁太浪费时间。强烈建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）完整系统学习一遍，什么就都明白了，里面的“GROMACS的使用基础”部分特别详细讲拓扑文件的逻辑规则，里面还专门有一节“蛋白质-配体复合物的模拟”给了讲得非常细致、完整的例子。没有比这更快更理想的学习GROMACS的捷径了。

chenwei

你可以试一下在的topol.top文件中，将; Include ligand topology #include "ligand.itp"这两行放到; Include forcefield parameters #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"这两行下面

nitp7034

chenwei 发表于 2024-12-2 16:43
你可以试一下在的topol.top文件中，将; Include ligand topology #include "ligand.itp"这两行放到; Includ ...

感谢回复，按您的建议操作成功解决了Invalid order for directive atomtypes这个报错，但无法解决  No such moleculetype ligand的报错。
如果可以能否提供一些已经处理过，能正常运行蛋白质-配体对接的附件（itp，top，gro），我想和我的附件对比下，看能否找到问题所在。

Seyilaxa

nitp7034 发表于 2024-12-2 20:31
感谢回复，按您的建议操作成功解决了Invalid order for directive atomtypes这个报错，但无法解决  No su ...

不要改sobtop生成的ligand.itp，按下面顺序来

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "ligand.itp"

[ moleculetype ]
Protein_chain_A     3

……蛋白的键长、角度、二面角

#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

#include "amber99sb-ildn.ff/spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
[ position_restraints ]
   1    1       1000       1000       1000
#endif

#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

[ system ]
……

[ molecules ]
Protein_chain_A     1
MOL                 1

当然你后面肯定还要去理解为什么拓扑文件是这么写的，搞清楚各个字段之间的作用和相互关系，仔细看看公社的这篇帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=45783，不然到时候换个体系依旧挠头
然后关于模拟的参数，其他的我没看，光md.mdp一个文件里就有很多不合理的地方，constraints不应该设all-bonds，只限制氢原子就行；rcoulomb和rvdw不是Amber力场原文的大小；fourierspacing用默认值即可无需更改，另外Amber一般配tip3p来模拟蛋白。这些都是公社里其他帖子提出过的，可以先看看

chenwei

nitp7034 发表于 2024-12-2 20:31
感谢回复，按您的建议操作成功解决了Invalid order for directive atomtypes这个报错，但无法解决  No su ...

我是按照6楼列出的进行的，没有把蛋白质的top写入到总top文件中，你可以参照这位老师的意见试试

nitp7034

Seyilaxa 发表于 2024-12-2 22:21
不要改sobtop生成的ligand.itp，按下面顺序来

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

感谢回复，但还是无法解决问题
最终我是通过把ligand.top文件中的这段代码：
[ molecules ]
; Molecule      nmols
ligand     1
改成
; Molecule      nmols
MOL     1

把ligand.itp中将这段代码：
[ moleculetype ]
; name          nrexcl
ligand       3
改成
[ moleculetype ]
; name          nrexcl
MOL       3
解决了问题

Seyilaxa

nitp7034 发表于 2024-12-3 01:05
感谢回复，但还是无法解决问题
最终我是通过把ligand.top文件中的这段代码：
[ molecules ]

ligand.itp是空的，所以猜了一个名称

nitp7034

Seyilaxa 发表于 2024-12-3 01:07
ligand.itp是空的，所以猜了一个名称

这是 原itp文件的代码

1. ; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev5) on 2024-12-01
   
2. 
   
3. [ atomtypes ]
   
4. ; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
   
5. c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
   
6. c            6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
   
7. n            7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
   
8. oh           8    15.999405    0.000000    A      3.066473E-01    8.803136E-01
   
9. os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
   
10. o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
    
11. n4           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
    
12. h2           1     1.007941    0.000000    A      2.293173E-01    6.568880E-02
    
13. h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
    
14. hc           1     1.007941    0.000000    A      2.649533E-01    6.568880E-02
    
15. hn           1     1.007941    0.000000    A      1.069078E-01    6.568880E-02
    
16. ho           1     1.007941    0.000000    A      0.000000E+00    0.000000E+00
    
17. hx           1     1.007941    0.000000    A      1.959977E-01    6.568880E-02
    
18. 
    
19. [ moleculetype ]
    
20. ; name          nrexcl
    
21. ligand       3
    
22. 
    
23. ; Atomic charges are those loaded from .mol2 file
    
24. [ atoms ]......

复制代码

然后这是原top文件的

1. ; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev5) on 2024-12-01
   
2. 
   
3. [ defaults ]
   
4. ; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ    fudgeQQ
   
5.      1              2              yes            0.5       0.8333
   
6. 
   
7. #include "ligand.itp"
   
8. 
   
9. [ system ]
   
10. ligand
    
11. 
    
12. [ molecules ]
    
13. ; Molecule      nmols
    
14. ligand     1
    

复制代码