如何处理这种扫描曲线的过渡态？

wangwei123 · 发表于 Post on 2024-12-26 17:03:44

本帖最后由 wangwei123 于 2024-12-26 17:09 编辑

各位老师好，我通过柔性扫描——同时拉近两个原子之间的距离来找反应的过渡态，但是扫描曲线能量呈现这样的趋势，用最高点找不出过渡态，在这个过程中，结构也会出现突变，请问该如何处理呢？

（框出来的两个点分别对应的是反应物和产物）

Uranyl · 发表于 Post on 2024-12-26 17:06:04

把图中第九步的能量最高点拿出来搜索过渡态应该就行？

wangwei123 · 发表于 Post on 2024-12-26 17:11:40

Uranyl 发表于 2024-12-26 17:06
把图中第九步的能量最高点拿出来搜索过渡态应该就行？

尝试了，但是没找到

287192454 · 发表于 Post on 2024-12-26 17:29:43

第九个最有希望吧。你设置的每一步步长多少？可以从第八个点重新扫到第十个点，当然步长要尽量缩小

wangwei123 · 发表于 Post on 2024-12-26 17:38:44

287192454 发表于 2024-12-26 17:29
第九个最有希望吧。你设置的每一步步长多少？可以从第八个点重新扫到第十个点，当然步长要尽量缩小

扫描设置的有100步步长从0.1缩小到0.05过还是不行，结构会发生突变的情况（发的图是0.1 后来尝试过从第九步开始换0.05扫描还是突变）

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-26 23:34:10

用最高点当过渡态初猜的前提是相应结构大致有过渡态的样子，脱离具体结构光把曲线摆出来没意义

wangwei123 · 发表于 Post on 2024-12-27 15:49:58

sobereva 发表于 2024-12-26 23:34
用最高点当过渡态初猜的前提是相应结构大致有过渡态的样子，脱离具体结构光把曲线摆出来没意义

老师，这是扫描曲线上相关点的结构，想要从最初的第一个反应物结构转变成第十个产物结构，实现H从O转移到C上，同时变成O原子和中心过渡金属Ru相连（第九步的结构为方便显示，前后转了一下）

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-27 20:45:00

wangwei123 发表于 2024-12-27 15:49
老师，这是扫描曲线上相关点的结构，想要从最初的第一个反应物结构转变成第十个产物结构，实现H从O转 ...

9、10步变化极大，未必是一步能完成的过程，说不定还有中间体。建议先把产物端优化出来（以第10步结构为初猜），对比和反应物的结构差异考虑过渡态初猜该摆成什么样

wangwei123 · 发表于 Post on 2024-12-28 10:52:19

sobereva 发表于 2024-12-27 20:45
9、10步变化极大，未必是一步能完成的过程，说不定还有中间体。建议先把产物端优化出来（以第10步结构为 ...

好呢，谢谢老师，我尝试一下~

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