求助分子动力学加热后水盒子出现空洞

zdhxcr · 发表于 Post on 2024-12-31 09:16:19

我在进行分子动力学极小化后加热，加热后水盒子出现巨大空洞，请问各位老师可能是什么原因？把极小化和加热的脚本也一并附上
极小化：
Minimization
&cntrl
imin=1, maxcyc=2000, ncyc=1000,
ntpr=100, ntwr=500, ntwx=1000,
ioutfm=0,
ntb=1,
cut=12.0,
/

加热
Heat
&cntrl
  imin=0,
  nstlim=1000000, dt=0.001,
  irest=0, ntx=1,
  ntpr=50000, ntwr=50000, ntwx=50000,
  ioutfm=0, iwrap=1,
  ntt=3, gamma_ln=3, ig=77777,
  ntb=1, ntp=0,
  tempi=0.0, temp0=300.0,
  ntc=2, ntf=2,
  cut=12.0,
/

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-12-31 09:24:56

本帖最后由 SiqiLee 于 2024-12-31 09:25 编辑

你做加热的时候应当先将所有的重原子限制住呀，你体系虽然做完最小化了，但加热是要有限制的

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-31 10:06:01

ntp=1

zdhxcr · 发表于 Post on 2024-12-31 11:03:13

fhh2626 发表于 2024-12-31 10:06
ntp=1

我下一步就是要进行ntp预平衡在加热的时候就没有对原子进行约束

zdhxcr · 发表于 Post on 2024-12-31 11:03:52

SiqiLee 发表于 2024-12-31 09:24
你做加热的时候应当先将所有的重原子限制住呀，你体系虽然做完最小化了，但加热是要有限制的

我是打算下一步进行约束进行ntp预平衡，请问这样可以吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-31 11:48:09

zdhxcr 发表于 2024-12-31 11:03
我下一步就是要进行ntp预平衡在加热的时候就没有对原子进行约束

跟原子约束没关系，直接npt跑就行了

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-31 13:01:27

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

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