Gaussian优化时如何固定链状分子中的线性二面角

wangyueda · 发表于 Post on 2025-2-9 10:38:57

请教大家一个问题，我有一个链状分子如图，我想在优化的时候固定中间的骨架使之始终保持为一条直线，使用opt=modredundant再在坐标后面写上类似2 7 8 13 F后优化报错：“User requested dihedral 2 7 8 13 involves a near-linear angle.”，请问该如何解决？

zjxitcc · 发表于 Post on 2025-2-9 10:58:17

可以尝试一下：先保证初始结构中骨架严格直线，然后固定键角，例如
A 2 7 8 F
A 7 8 13 F
...

wangyueda · 发表于 Post on 2025-2-9 11:06:54

zjxitcc 发表于 2025-2-9 10:58
可以尝试一下：先保证初始结构中骨架严格直线，然后固定键角，例如
A 2 7 8 F
A 7 8 13 F

还是报错老师：“User requested angle 25 26 31 is too close to linear”，gaussian是不允许固定直线状的键角吗

khemja · 发表于 Post on 2025-2-11 09:09:51

wangyueda 发表于 2025-2-9 11:06
还是报错老师：“User requested angle 25 26 31 is too close to linear”，gaussian是不允 ...

把整个分子结构都贴出来看看？可能有些原子靠的太近了，这个报错信息表示你需要手动调整一下初始结构

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