求助：使用Gromacs模拟双链DNA后轨迹处理问题

HZW · 发表于 Post on 2022-5-19 12:21:41

本帖最后由 HZW 于 2022-5-19 12:23 编辑

我在使用gromacs模拟一个36bp的双链DNA在150mM的NaCl溶液中的运动后，模拟的时间为300ns，由于在MD时未设置对核酸结构进行消除质心平动和转动的参数；对得到的轨迹使用卢老师在帖子里发的方式处理轨迹，具体如下图所示，还是无法去除PBC效应得到完整的双链DNA分子的轨迹，出现两条单链分开的情况，请问该如何处理轨迹才能展示出完整的双链DNA分子在一起的图像。

Puying · 发表于 Post on 2022-5-19 12:29:40

你试试trjconv 的-trans选项平移一下呢？

HZW · 发表于 Post on 2022-5-19 13:00:20

Puying 发表于 2022-5-19 12:29
你试试trjconv 的-trans选项平移一下呢？

使用-trans 指定的x y z 的vector怎么确定呢

Puying · 发表于 Post on 2022-5-19 13:19:47

HZW 发表于 2022-5-19 13:00
使用-trans 指定的x y z 的vector怎么确定呢

我没有用过这个命令，不过你可以试试。比如你给的这个图，向上平移是x方向，平移2nm，那就是2 0 0，以此类推
我不确定，你试一下~~

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-5-19 17:13:38

可以试试用trjconv -pbc nojump

HZW · 发表于 Post on 2022-5-19 18:20:37

Frozen-Penguin 发表于 2022-5-19 17:13
可以试试用trjconv -pbc nojump

我昨晚就把trjconv -pbc mol ; -pbc atom ; -pbc whole ; -pbc nojump等所有都试了，没用，依旧不能完全消除PBC；然后今天试了论坛搜到的卢老师的回帖，然后又试了网上的VMD处理：pbc wrap -compound res -all，
pbc box 都没用。
对了还有楼上说的用-trans, 这个试错法

Puying · 发表于 Post on 2022-5-19 18:47:12

HZW 发表于 2022-5-19 18:20
我昨晚就把trjconv -pbc mol ; -pbc atom ; -pbc whole ; -pbc nojump等所有都试了，没用，依旧不能完全 ...

实在不行就用vmd里面的pbc 显示多个就好了~~~

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 21:54:51

先-pbc mol搞一次，再-pbc nojump搞一次。如果此时DNA运动已经连续了而且保持完整了，VMD里对DNA相对于第一帧做个align，就一直在中央了

HZW · 发表于 Post on 2022-5-19 22:02:06

sobereva 发表于 2022-5-19 21:54
先-pbc mol搞一次，再-pbc nojump搞一次。如果此时DNA运动已经连续了而且保持完整了，VMD里对DNA相对于第一 ...

好的，谢谢卢老师，是不是我后面跑双链核酸，在MD参数中使用comm-mode = angular对核酸分子的group消除平动和转动，后续轨迹就不会出现这样呢。

HZW · 发表于 Post on 2022-5-19 22:02:33

Puying 发表于 2022-5-19 18:47
实在不行就用vmd里面的pbc 显示多个就好了~~~

好的，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:51:21

HZW 发表于 2022-5-19 22:02
好的，谢谢卢老师，是不是我后面跑双链核酸，在MD参数中使用comm-mode = angular对核酸分子的group消除平 ...

通常是

波波波 · 发表于 Post on 2022-5-20 11:27:43

我最近发现-center选项没用，选择的组没有被移动到盒子中心，用的是2020.7版本，是不是bug呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-5-21 02:24:44

波波波发表于 2022-5-20 11:27
我最近发现-center选项没用，选择的组没有被移动到盒子中心，用的是2020.7版本，是不是bug呢？

双链DNA的链质量差不多，如果一个在盒子这边一个在那边质心也在中间，所以要先移动到一起再center

HZW · 发表于 Post on 2022-5-24 10:52:41

本帖最后由 HZW 于 2022-5-24 12:47 编辑

唉，在MD运行中加了对核酸组的移除质心的平动和转动，在模拟的100ns以内没出现两条链分开的情况，但是100ns以后的轨迹就又是上述情况。
comm-mode = Angular
comm-grps = DNA
看来只能通过增大水盒子的方式去解决问题了

HZW · 发表于 Post on 2022-5-24 10:57:36

sobereva 发表于 2022-5-19 21:54
先-pbc mol搞一次，再-pbc nojump搞一次。如果此时DNA运动已经连续了而且保持完整了，VMD里对DNA相对于第一 ...

前天试过了，用-pbc mol处理后的轨迹虽然没有完整的双链结构，但是单条链是完整的，然后用-pbc nojump处理后的轨迹则直接由于PBC切割而断成了几截了。算了，我去gromacs forum上问下，谢谢卢老师的建议。

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