atomsk将单斜Ag2S晶体转为正交，c轴过大该怎么处理

alv

通过atomsk -orthogonal-cell命令想将Ag2S单斜结构转为正交结构进行动力学运算，结果c轴变大了100倍。这正常吗？  
c轴从 9.526变到了1073.48108 ，详见cif文件。

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正交之后

Uus/pMeC6H4-/キ

这个属于数学问题。你的单斜Ag2S结构的晶胞常数为a = 4.231 Å，c = 9.526 Å，beta = 129.48°，显然由于beta角不是特殊角，不可能找到严格正交化的线性组合系数，只能说在一定精度内找到近似解。参考这个帖子的办法可以求得|c|/|a|*cos(β) ≈ -1.4315...，其分数近似之一为-209/146，于是√(146*9.526 - 209*4.231) ≈ 1073.48，这就是atomsk找到的正交化以后新的c轴长度，即c' = 209*a + 146*c（考虑夹角的向量和）使得beta' = 90.0001°。我不知道程序的orthogonal-cell算法内阈值有多严，或许分母更小的分数近似如-3/2，-10/7，-63/44，-73/51，-136/95等不能满足精度。

实际上取-10/7时，即令c' = 10*a + 7*c（同样是考虑夹角的向量和），转化后的beta' = 90.0968°也足够接近直角了，对扩胞做分子动力学而言引入的误差应该不大。实现这种晶格矢量转化可以用免费的VESTA，在Edit - Edit Data - Unit Cell里点Transform，然后输入变换矩阵

1. 1  0 10
   
2. 0  1  0
   
3. 0  0  7

复制代码

即可（注意VESTA的惯例是用变换矩阵右乘到原晶格矢量矩阵，而不是左乘）。如还要顺便扩胞，把两个1改成更大的正整数即可。

alv

谢谢您，大佬。我转化下试试。