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[建模与可视化] 求助画的CIF错误在哪里

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Level 2 能力者

本帖最后由 f709842161 于 2025-3-24 19:48 编辑

我按照文献中的table1与table2的数据输入vesta软件,画出的晶体结构与文献中figure2的差别很多

本人画的CIF.png (983.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

本人画的CIF.png

想要实现的CIF.png (368.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

想要实现的CIF.png

New structure.cif

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CIF

structure.pdf

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Level 4 (黑子)

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发表于 Post on 2025-3-24 20:18:00 | 只看该作者 Only view this author
把软件中元素的那个成键半径设置大一点,或者设置某元素只与某元素成键之后在看,这就是个显示的问题。
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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傻傻的木瓜

3#
发表于 Post on 2025-3-24 20:31:21 | 只看该作者 Only view this author
这种结构直接按文献出处到在线数据库找多半就有cif文件,并不需要自行输入软件。这个丙烷水合物可以在ICSD 5338、CCDC 1593402或COD 9012881找到,除氧外其他原子皆为分数占据,特别是朝向无序的丙烷。(这结构当然不能直接交给计算软件做优化等任务。)

不考虑原子颜色的话,文献的图是沿着[110]方向看(c轴水平)的,隐藏了水分子的氘和丙烷的碳氢、碳碳键,这些都能在VESTA里做到,调好以后再说和文献不符之处。
√546=23.36664289109

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