有关dushin程序的使用和问题报错求解

翟yingxin123

阅读了《使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子》这篇博文之后想在我自己的体系中模拟一下，但是出现了我解决不了的问题。因为对这个程序和激发态不熟悉，所以想问一下问题能不能得到解决。

这里是51个原子的过渡金属体系，在低自旋态（s=0）和高自旋态（s=2）的两个不同自旋多重度的设置下进行的opt freq的计算的计算文件（gjf，log，chk）。
我需要做数据绘图体现各个振动模式的贡献，老师说这个可以做做试试，但是我这s=2的态不是通过激发得到的，就是算tddft，也只能激发到s=1，但是这个体系实验中体现的是高自旋态为5，对，我的计算的高低自旋态，没有T1...啥等数据。

第一个问题就是，我用这个dushin失败的原因是不是我这个计算文件并不是dushin程序的处理文件的原因有关。是不是我的提供的计算文件其实是缺失了一部分dushin计算的一些数据，这个软件是用于专门计算什么文件的吗？我的计算没有给出程序所需要的数据（没有电荷变化，也不是基态激发态）所以出错。
如果第一个问题---->是,那我就先纠正第一个问题，不算重组能了。
第二个问题，上传图片里左边是博文 pyridine.rar，里面的程序在终端运行的弹出来的（后面还有很多计算过程数据），右边是我的文件弹出来数据（计算过程后面就结束了）这里不同，附加一张我的dushin.out的文件。我觉得是终端输出数据这里有可能这里能体现一点问题：symm operator            1 :  F  nop=           0，全都是0，这合理吗？不知道大家，各位老师有没有遇到过的。最后报错信息：unconnected atom in bmatred在未编译的文件中找到了报错的地方，大概的意思是：根据程序设定的每种键的类型，设置了成键要求键长小于某个数值。我这个报错信息就是我没有一种键是成立的。该怎么处理，是我结构的问题吗？
第三个，求助有经验者能不能提醒我有没有体现不同振动模式贡献的算法，我该绘制什么图，用什么数据，我可以自己去查。

翟yingxin123

我与我机房的一个比较聪明的同学研究了一下这个问题。程序可以实现重组能的计算了。给在用dushin程序的同学一些思路，仅供参考。

1：这个程序比较的两个文件首先是要保持内坐标一致。

2：分子的原子数（参考我是50左右），下载程序的未编译文件，读一下bmatred.for，在bmatred.for（不是程序的逻辑，只是与自己相关的比如：A与B成键的键长或是否成键等问题，因为源程序带有Mg，O一类的键长设置而我的体系没有，体系中有单独的原子与分子整体离得比较远，不在源文件中设置键长的话，程序认为有分离的原子没有与任何原子成键就会报错）。我的问题修改bmatred.for就可以了。修改问题不大而且不通用，根据报错信息，查找源文件内容，根据在终端输出的最终的报错信息里nber bend ,nber impr for ,nber tot redund int等关于键角，二面角等，两个状态分子最后这个nber tot redund int输出数值相等（我做出来是这几个数值都相等），一般就成功了，当然是否可行还需要与你们自己的老师商定。大家要使用并且判断力不强的，需要与老师商定，起码要用原博文里的例子自己跑一跑，确实会出现成功运行，数据不同的情况）。

3：分子体系中有独立的原子，离子，距离比较远的（独立出来，只在振动过程中成键），没有在程序中设置键长让程序可识别此键的话，程序会认为这个原子或离子是单独的，上来就会报错。

4：出现问题unconnected atom in bmatred，nv is incorrect，int defn changed，nber red int coord def changed 等等，可能是输入文件的问题，也可能是dushin限制不合适（大概）。

5：很多细节都需要与老师商定，所以我只能帮用dushin的同学提供一个解决办法的思路，并不十分严谨。






（一楼我贴的我自己的程序我就删掉了）