Intel OneAPI 2025 编译 VASP 6.4.2 后普通用户无法调用MPI，只有 root 可以运行

乐平

这两天遇到很奇葩的事情。我在自己的小工作站上安装了 Rocky Linux 9.6 （之前是 Ubuntu 系统）

安装完 Intel OneAPI 2025 之后，编译 vasp 6.4.2，编译过程很顺畅。但是…… 测试的时候遇到很奇葩的事情，普通用户无法运行 vasp，会报 MPI 相关的错，只有 root 才能正常运行。

普通用户的报错如下：

1. (base) [huan@localhost graphite]$ module list
   
2. No Modulefiles Currently Loaded.
   
3. (base) [huan@localhost graphite]$ module load intel/oneapi/mkl/2025.2 intel/oneapi/mpi/2021.16
   
4. Loading intel/oneapi/mkl/2025.2
   
5.   Loading requirement: intel/oneapi/tbb/latest intel/oneapi/compiler-rt/latest
   
6. (base) [huan@localhost graphite]$ module list
   
7. Currently Loaded Modulefiles:
   
8. 1) intel/oneapi/tbb/latest   2) intel/oneapi/compiler-rt/latest   3) intel/oneapi/mkl/2025.2   4) intel/oneapi/mpi/2021.16  
   
9. 
   
10. Key:
    
11. auto-loaded  
    
12. (base) [huan@localhost graphite]$ mpirun -np 4 /home/huan/apps/vasp642/bin/vasp_std
    
13. Abort(673310095) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in internal_Init: Other MPI error, error stack:
    
14. internal_Init(39850).........: MPI_Init(argc=(nil), argv=(nil)) failed
    
15. MPII_Init_thread(118)........:
    
16. MPID_Init(1719)..............:
    
17. MPIDI_OFI_mpi_init_hook(1740):
    
18. create_vni_context(2343).....: OFI EP enable failed (ofi_init.c:2343:create_vni_context:Cannot allocate memory)
    
19. Abort(673310095) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in internal_Init: Other MPI error, error stack:
    
20. internal_Init(39850).........: MPI_Init(argc=(nil), argv=(nil)) failed
    
21. MPII_Init_thread(118)........:
    
22. MPID_Init(1719)..............:
    
23. MPIDI_OFI_mpi_init_hook(1740):
    
24. create_vni_context(2343).....: OFI EP enable failed (ofi_init.c:2343:create_vni_context:Cannot allocate memory)
    
25. Abort(673310095) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in internal_Init: Other MPI error, error stack:
    
26. internal_Init(39850).........: MPI_Init(argc=(nil), argv=(nil)) failed
    
27. MPII_Init_thread(118)........:
    
28. MPID_Init(1719)..............:
    
29. MPIDI_OFI_mpi_init_hook(1740):
    
30. create_vni_context(2343).....: OFI EP enable failed (ofi_init.c:2343:create_vni_context:Cannot allocate memory)
    
31. Abort(673310095) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in internal_Init: Other MPI error, error stack:
    
32. internal_Init(39850).........: MPI_Init(argc=(nil), argv=(nil)) failed
    
33. MPII_Init_thread(118)........:
    
34. MPID_Init(1719)..............:
    
35. MPIDI_OFI_mpi_init_hook(1740):
    
36. create_vni_context(2343).....: OFI EP enable failed (ofi_init.c:2343:create_vni_context:Cannot allocate memory)
    
37. (base) [huan@localhost graphite]$
    

复制代码

但是 root 却能正常调用 mpi ，能正常完成计算，如下

1. (base) [root@localhost graphite]# module list
   
2. No Modulefiles Currently Loaded.
   
3. (base) [root@localhost graphite]#
   
4. (base) [root@localhost graphite]# module load intel/oneapi/mkl/2025.2 intel/oneapi/mpi/2021.16
   
5. Loading intel/oneapi/mkl/2025.2
   
6.   Loading requirement: intel/oneapi/tbb/latest intel/oneapi/compiler-rt/latest
   
7. (base) [root@localhost graphite]#
   
8. (base) [root@localhost graphite]# module list
   
9. Currently Loaded Modulefiles:
   
10. 1) intel/oneapi/tbb/latest   2) intel/oneapi/compiler-rt/latest   3) intel/oneapi/mkl/2025.2   4) intel/oneapi/mpi/2021.16  
    
11. 
    
12. Key:
    
13. auto-loaded  
    
14. (base) [root@localhost graphite]#
    
15. (base) [root@localhost graphite]# mpirun -np 4 /home/huan/apps/vasp642/bin/vasp_std
    
16. running    4 mpi-ranks, on    1 nodes
    
17. distrk:  each k-point on    4 cores,    1 groups
    
18. distr:  one band on    1 cores,    4 groups
    
19. vasp.6.4.2 20Jul23 (build Jul 23 2025 16:27:58) complex                        
    
20.   
    
21. POSCAR found type information on POSCAR I
    
22. POSCAR found :  1 types and       2 ions
    
23. scaLAPACK will be used
    
24. LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
    
25. found WAVECAR, reading the header
    
26. POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
    
27. FFT: planning ... GRIDC
    
28. FFT: planning ... GRID_SOFT
    
29. FFT: planning ... GRID
    
30. reading WAVECAR
    
31. the WAVECAR file was read successfully
    
32. initial charge from wavefunction
    
33. entering main loop
    
34.        N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
    
35. DAV:   1    -0.274277379318E+01   -0.27428E+01   -0.38481E-13  1152   0.599E-06    0.522E-08
    
36. DAV:   2    -0.274277379347E+01   -0.28814E-09    0.22757E-14  1136   0.127E-06
    
37.    1 F= -.27427738E+01 E0= -.27418118E+01  d E =-.192399E-02
    
38. writing wavefunctions
    
39. (base) [root@localhost graphite]#
    

复制代码

我也尝试了在笔记本上用虚拟机来安装 Rocky Linux 9.6，也是用 Intel OneAPI 2025 Base Kit 和 HPC kit 编译器来编译 vasp.6.4.2。神奇的是，在虚拟机上普通用户能正常运行。

不知道是什么原因在工作站上会报错……

请教大家，谢谢啦！

丁越

是不是oneapi目录及其子目录的权限问题啊，看看对others有没有rx权限

llzz0309

可以尝试加环境变量来解决，export FI_PROVIDER=tcp

乐平

丁越 发表于 2025-7-24 09:08
是不是oneapi目录及其子目录的权限问题啊，看看对others有没有rx权限

oneapi 目录以及子目录的权限都是 drwxr-xr-x

最后的 vars.sh 文件的权限是 -rw-r--r--

这些跟在集群里也是一致的，与我的小工作站一样。
集群里是可以用普通用户调用 mpirun
我的笔记本里虚拟机也可以用普通用户调用 mpirun
诡异的是，小工作站的普通用户却不能调研 mpirun，真诡异……

llzz0309

此外，您的graphite文件夹用root用户跑过后，可能产生的文件属于root用户，普通用户再跑计算时，无法完成对root用户文件的覆盖，也会出问题。所以也需要检查下graphite文件夹及其包含的文件所属用户。可以以root用户执行chown  -R  huan:huan  /home/huan来修正文件所属用户为huan的

乐平

llzz0309 发表于 2025-7-24 10:04
可以尝试加环境变量来解决，export FI_PROVIDER=tcp

非常感谢！
添加 export FI_PROVIDER=tcp 到 ~/.bashrc 之后，可以用普通用户正常运行了。

乐平

llzz0309 发表于 2025-7-24 10:12
此外，您的graphite文件夹用root用户跑过后，可能产生的文件属于root用户，普通用户再跑计算时，无法完成对 ...

谢谢您的提醒，我运行完之后会删除测试的结果。或者另外复制输入文件再运行测试。

您提到的 export FI_PROVIDER=tcp 是关键，再次感谢！