gmx density得到的number density是怎么计算的？

atomhong · 发表于 Post on 2022-2-11 22:09:28

通过gromacs自带的分析数密度的方法gmx density -dens number，得到的那个纵坐标的数值是怎么个计算方法？纵坐标的单位是(nm-3),横坐标单位是(nm)为什么我把数密度曲线对横坐标积分回去发现得到的数值乘以截面积和原本统计的分子总数对不上。如下图，我得到的曲线，积分完是600，乘以截面积25nm2,是15000，但是我的体系只有5000个该分子。

得到的数密度是每个截面处的数密度吗？有相关的表达式来说明一下吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-12 03:10:55

统计的是原子数，不是分子数
就是各个薄层里选择的选择的组里的原子数除以薄层体积而已

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-12 09:03:45

http://bbs.keinsci.com/thread-26499-1-1.html
我以前有相同的疑问

atomhong · 发表于 Post on 2022-2-12 10:02:47

sobereva 发表于 2022-2-12 03:10
统计的是原子数，不是分子数
就是各个薄层里选择的选择的组里的原子数除以薄层体积而已

明白了，谢谢社长，我的分子是水分子，如果统计的是原子个数那就对得上了

atomhong · 发表于 Post on 2022-2-12 10:08:04

sobereva 发表于 2022-2-12 03:10
统计的是原子数，不是分子数
就是各个薄层里选择的选择的组里的原子数除以薄层体积而已

还有一个小问题，就是直接用这个原子数密度合理吗？还是转成分子的数密度合理？体系是一个水溶液体系。之前我用的是质量密度分布，但审稿人建议用数密度。

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-12 11:31:16

atomhong 发表于 2022-2-12 10:08
还有一个小问题，就是直接用这个原子数密度合理吗？还是转成分子的数密度合理？体系是一个水溶液体系。之 ...

我自己用的就是数量密度，将原子数量密度在转为分子数量的那种数量密度。我觉得给出 “XX个分子/nm3” 更直观

atomhong · 发表于 Post on 2022-2-12 20:39:13

牧生发表于 2022-2-12 11:31
我自己用的就是数量密度，将原子数量密度在转为分子数量的那种数量密度。我觉得给出 “XX个分子/nm3” ...

JCenter · 发表于 Post on 2022-3-15 20:12:24

牧生发表于 2022-2-12 11:31
我自己用的就是数量密度，将原子数量密度在转为分子数量的那种数量密度。我觉得给出 “XX个分子/nm3” ...

请问大佬，如何将原子数密度转为分子数密度

牧生 · 发表于 Post on 2022-3-15 20:16:39

JCenter 发表于 2022-3-15 20:12
请问大佬，如何将原子数密度转为分子数密度

用原子数量密度，除以每个分子所含的原子数量，那就是分子个数

JCenter · 发表于 Post on 2022-3-15 20:30:27

牧生发表于 2022-3-15 20:16
用原子数量密度，除以每个分子所含的原子数量，那就是分子个数

谢谢大佬，一语中的

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