计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 148|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 使用linux版的Gaussian16计算对接后配体分子电荷,结果构象位置发生了改变如何解决

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

如图,分子对接后蛋白-配体复合物构象是绿色的,将配体分子单独拎出来进行g16电荷计算后位置变成了粉色。应该怎么解决呢

202508081605461954..png (175.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202508081605461954..png

410

帖子

5

威望

1630

eV
积分
2140

Level 5 (御坂)

鸩羽

2#
发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
这不就是pymol不同显示风格么 管他干啥 看不顺眼就右边color改成绿的
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120061

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
提问得完全没有没头没尾,认真看下文,了解提问时必备的最基本逻辑
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

什么程序显示的、原先给可视化程序的是什么文件、Gaussian算完后给可视化程序是什么文件以及此文件是怎么得到的,如此关键的信息全都必须自觉交代清楚,否则你只能问算命的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

1495

eV
积分
1624

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
估计楼主是说Gaussian优化后的构象,再导入pymol,不在active sites了,
这个没关系,如果要跑MD的话,就用之前的对接构象就好了。。。

410

帖子

5

威望

1630

eV
积分
2140

Level 5 (御坂)

鸩羽

5#
发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
beyond 发表于 2025-8-8 19:01
估计楼主是说Gaussian优化后的构象,再导入pymol,不在active sites了,
这个没关系,如果要跑MD的话,就 ...

那也不对吧,为什么会先对接,再取出来结构优化,再放回去?
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

110

帖子

0

威望

1235

eV
积分
1345

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
It's a normal thing, when you optimize the ligand coordinates changed and the pose also changed, but if you want to keep the docking pose just perform a single point energy calculation

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-8 18:28
提问得完全没有没头没尾,认真看下文,了解提问时必备的最基本逻辑
在网上求助计算化学问题的时候必须把问 ...

抱歉老师,我的问题是这样的
1.用AutoDockVina进行分子对接后,得到最低结合能且含氢键的最优蛋白-配体构象的pdb文件,并使用PyMOL 进行可视化,构象如图一

2.根据这个最优构象,单独提取小分子的pdb文件,并使用“antechamber -i ligand.pdb -fi pdb -o ligand.gjf -fo gcrt -pf y”命令转化为gjf格式,使用Gaussian 16软件计算小分子gjf文件的resp电荷
3.小分子在Gaussian 16计算后的结果用“antechamber -i ligand.out -fi gout -c resp -o ligand_resp.pdb -fo pdb -pf y”重新转换为pdb格式,导入PyMOL 软件可视化,并与最优蛋白-配体复合物中配体的位置进行比较,发现小分子的坐标离开了原先的活性口袋(图二)

就是如何能计算小分子resp电荷的同时不改变它的坐标呢?还是应该先用Gaussian 16优化,再进行对接呢?

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
beyond 发表于 2025-8-8 19:01
估计楼主是说Gaussian优化后的构象,再导入pymol,不在active sites了,
这个没关系,如果要跑MD的话,就 ...

就是这个意思。用之前构象的话,要怎么操作才能既计算电荷又保留位置呢

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2025-8-8 20:08
那也不对吧,为什么会先对接,再取出来结构优化,再放回去?

MD我还只学了皮毛,求大佬细说具体应该什么流程呢。因为对接后的pdbqt文件把非极性氢都去掉了,然后我重新加上非极性氢的话这个电荷不是也要再优化一下,再算一遍嘛。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120061

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
沃兹姬 发表于 2025-8-9 02:27
抱歉老师,我的问题是这样的
1.用AutoDockVina进行分子对接后,得到最低结合能且含氢键的最优蛋白-配体 ...

配体的坐标还用原来的坐标,完全不需要把Gaussian优化完的坐标又放回去。

其它相关说明:
只要做几何优化,原子坐标必然会变化。只不过写上nosymm关键词的时候不会自动平移到标准朝向,看《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》(http://sobereva.com/297),但内部结构肯定会变。
如果你想让分子内部结构也不变,就只能不做非氢原子的优化,直接用Multiwfn按下文计算RESP电荷就完了。用Gaussian直接算单点得到的chk转成的fch文件作为Multiwfn算RESP电荷的输入文件(但鉴于X光衍射通常测不准氢的位置,最好先把氢原子优化)
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html

如果你Gaussian用得不熟,也可以用下文里带noopt后缀的脚本算RESP电荷,极为方便
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

PS:antechamber算RESP电荷已经是我很不推荐的做法。用Multiwfn算RESP电荷已是主流。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

28

帖子

0

威望

170

eV
积分
198

Level 3 能力者

11#
发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
沃兹姬 发表于 2025-8-9 02:32
MD我还只学了皮毛,求大佬细说具体应该什么流程呢。因为对接后的pdbqt文件把非极性氢都去掉了,然后我重 ...

用sob老师开发的超级懒人脚本,使用ORCA+Multiwfn去计算出.chg文件,这里面有电荷信息。然后依然是使用sob老师开发的sobtop程序,生成配体分子的gro、itp和top文件。ORCA的安装教程sob老师也写过。然后你执意要用高斯的话在输入文件中的关键字里面加一个 -nosymm ,位置就不会变化了。

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-9 05:39
配体的坐标还用原来的坐标,完全不需要把Gaussian优化完的坐标又放回去。

其它相关说明:

好的,谢谢老师指导!我尝试一下

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
tptp 发表于 2025-8-9 08:03
用sob老师开发的超级懒人脚本,使用ORCA+Multiwfn去计算出.chg文件,这里面有电荷信息。然后依然是使用so ...

感谢大佬指导,我再重新做一遍看看

7

帖子

0

威望

15

eV
积分
22

Level 1 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
zako 发表于 2025-8-8 23:38
It's a normal thing, when you optimize the ligand coordinates changed and the pose also changed, but ...

thanks bro,  i just don't know how to do, and what app i need to use.

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 20:23 , Processed in 0.222962 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list