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本帖最后由 aaxk 于 2025-8-13 22:55 编辑
博主由于课题组的需求，主要是酶催化反应这类，不涉及蛋白质整体构象变化的问题，最近在用ORCA的QM/MM功能尝试计算这些反应遇到了一些疑问：
1. 关于体系的的初始构象的选择，我尝试过直接用AutoDock对接的结果和GROMACS跑10ns（3ns后RMSD趋于稳定）的蛋白配体复合物最后1ns的一些感兴趣的构象（包括能量最低的构象），用ORCA的QM/MM[QM采用GFN2 - XTB水平]的来优化这个体系，有的和实验结果比较拟合，有的有很大的差异，直接用对接得到的构象优化的结果也比较拟合实验结果，再加上ORCA的MM工具也会优化蛋白质的构象，在这个情况下我还需要从MD的轨迹中找到一个合理的构象吗。
2. 关于水的保留，用MD跑完的轨迹包含水，我们的酶反应体系也有水参与反应，这样我是只保留在蛋白空腔内部的水还是说要保留整个水盒子。
3. 直接用ORCA的QM/MM板块能够完成过渡态的寻找吗，因为之前在论坛上看到过说过渡态要联用MD程序联合做ONIOM，但是感觉太过于麻烦，不知道能不能用QM/MM 跑AIMD/NEB。
4.我的体系是NADPH的氢转移，由于有比较多的负电荷和弱相互作用，我打算最后发刊用B3LYP D4 GCP（DFT/SVP） ma-def2-svp做优化NEB之类的，单点用PWPB95-D3(BJ) ma-def2-QZVP，这样有问题吗
5.能不能这样计算结合自由能，QM/MM会输出QM区的能量，减去配体在水中的能量，这样可以吗
注：博主是实验人员，不是专门做计算化学的，可能有很多不严谨的地方，如有错误，感谢各位的指正，谢谢！
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