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[GROMACS] 磷脂双分子层之间的滑移问题

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楼主
各位老师好,我现在模拟的是磷脂双分子层结构(上层嵌入一个两亲性分子),但是发现模拟过程中两层之间滑移很厉害,学习了sob老师的培训班,培训班讲义上写道:“单纯膜体系上层、下层和水分别消除平动,如果是膜蛋白,则蛋白和两层膜作为同一组消除平动”,对于我的体系,我尝试(1)两亲性分子+上层膜,下层膜和水设置为三个组;(2)两亲性分子+双层膜和水设置为两个组,这两种方法发现滑移都比较厉害,请问有什么比较好的方法么
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发表于 Post on 2025-8-26 05:15:35 | 只看该作者 Only view this author
我只能怀疑组的定义不对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-8-26 14:06:11 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-26 16:26:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-26 05:15
我只能怀疑组的定义不对

感谢sob老师解答,仔细检查检查发现使用方法(1)两亲性分子+上层膜,下层膜和水设置为三个组时,上层有一个H原子进入了下层组,已更正重新跑,谢谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-26 16:28:29 | 只看该作者 Only view this author
greatzdk 发表于 2025-8-26 14:06
我建议先加力限制跑一段时间 再放开

谢谢您的解答,我仔细检查检查发现使用方法(1)两亲性分子+上层膜,下层膜和水设置为三个组时,上层有一个H原子进入了下层组,已更正重新跑,我在开始动力学之前进行了限制性动力学,给膜和两亲性分子施加了限制势,跑了200ps,不知道这个时间尺度是否足够
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-26 22:46:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-26 05:15
我只能怀疑组的定义不对

sob老师您好,确保组重新定义正确后问题依然没有解决,我上传了初始结构、100ns后的结构的图片(由于文章未发表,目前具体分子结构暂无法公开)、mdp文件和index文件(由于大小限制,保留了部分组,包括用到的组),mdp文件中定义的分别是上层膜+两亲性分子、下层膜和溶剂,index文件中“1-7560”为上层膜,7561-16200“是下层膜,”37783-38007“是小分子,也不确定是不是mdp文件设置的有问题,麻烦老师再帮我看看,谢谢 md.mdp (782 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4) index.ndx (305.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)





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发表于 Post on 2025-8-27 08:12:38 | 只看该作者 Only view this author
xsc6 发表于 2025-8-26 22:46
sob老师您好,确保组重新定义正确后问题依然没有解决,我上传了初始结构、100ns后的结构的图片(由于文章 ...

我不知道这两个图各是什么。如果一个是初始结构一个是最终结构,光靠这两张图本身并无法看出存在虚假的滑移

如果你看轨迹确认出现显著的滑移,先尝试把那三个组依次做冻结并且跑MD,确认组的定义确实无误。如果组无误,并且MD过程中滑移得过于厉害,尝试改小nstcomm,以及可以考虑把部分磷脂的某个原子加上xy方向的限制势

mdp没有明显问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-27 09:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-27 08:12
我不知道这两个图各是什么。如果一个是初始结构一个是最终结构,光靠这两张图本身并无法看出存在虚假的滑 ...

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2025-8-27 10:32:29 | 只看该作者 Only view this author
我觉的可能问题不大,如果你把Z方向的周期性看,可能没啥问题,不存在所谓滑动。你把Z方向的镜像产生一下看看

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