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[综合交流] 二面角拟合如何判断是否要考虑二面角之间的耦合

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本帖最后由 lts! 于 2025-9-3 15:42 编辑

问题1:请问对于我这样的分子,这两个特别接近的二面角项拟合时,是否需要考虑两者之间的耦合,从目前二面角2扫描得出的曲线来看,不是很平滑,如果确实是耦合比较强的二面角该怎么办呢

图1 二面角1

图2 二面角2

图3 已得到的柔性扫描曲线图
问题2:二面角拟合是否可以采用更恰当的模型体系,比如去掉长四个烷基链以减少不必要的计算量。




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发表于 Post on 2025-8-26 04:59:51 | 只看该作者 Only view this author
1 存在明显耦合是必然的,毕竟都是同一片pi共轭区域内

2 应当简化体系。既显著节约时间,又避免无关基团碍事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-26 10:24:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-26 04:59
1 存在明显耦合是必然的,毕竟都是同一片pi共轭区域内

2 应当简化体系。既显著节约时间,又避免无关基团 ...

1.老师,那这种存在明显耦合的情况该怎么处理恰当呢?
2.我的想法就是单纯的把长烷基链用甲基代替,仅保留大共轭平面,这样可行吗,还有更好的办法吗,老师?

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发表于 Post on 2025-8-27 08:01:52 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2025-8-26 10:24
1.老师,那这种存在明显耦合的情况该怎么处理恰当呢?
2.我的想法就是单纯的把长烷基链用甲基代替,仅保 ...

1 不太讲究就忽略耦合,如果讲究就参考诸如AMBER19SB用的cmap项(具体看原文),在扫描氨基酸残基的psi和phi二面角的时候就考虑了二者的耦合项

2 可以。离被扫描的二面角比较远的(且pi共轭不涉及的)基团都可以截掉并饱和
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-27 19:36:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-27 08:01
1 不太讲究就忽略耦合,如果讲究就参考诸如AMBER19SB用的cmap项(具体看原文),在扫描氨基酸残基的psi和 ...

好的好的谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-29 15:55:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lts! 于 2025-8-29 15:57 编辑
sobereva 发表于 2025-8-27 08:01
1 不太讲究就忽略耦合,如果讲究就参考诸如AMBER19SB用的cmap项(具体看原文),在扫描氨基酸残基的psi和 ...

老师,我其中一个二面角扫描结果呈这样

一个问题是在三个点有突变,这还能简单的单个二面角拟合吗,
还有个问题就是旋转360°之后能量差别看着有点大,这会影响结果吗,我可以从初始稳定结构出发,±180°扫描,这样会好一点吗

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发表于 Post on 2025-8-29 17:53:49 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2025-8-29 15:55
老师,我其中一个二面角扫描结果呈这样

一个问题是在三个点有突变,这还能简单的单个二面角拟合吗,

体系简化得还不够充分所致
看下文理解为什么会突变
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-29 21:38:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-29 17:53
体系简化得还不够充分所致
看下文理解为什么会突变
详谈使用Gaussian做势能面扫描

好的好的,谢谢老师

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