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[CP2K] 求助:用CP2K计算热分解时生成很多游离的H和O

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如题,在用cp2k跑了15ps的动力学之后,发现有很多游离的的O原子和H原子存在,基本上没有生成H2O和H2,请问大家有没有遇到过这种问题,是哪里设置错了吗?

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发表于 Post on 2022-3-23 14:40:23 | 只看该作者 Only view this author
把体系特征描述清楚,输入文件直接给出来
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-23 15:21:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理,下边是输入文件。总共有24个分子,264个原子,跑了15ps之后,出现了很多游离的O和H,如下图那样(是用vmd看的),请问这可能是什么原因呢?

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75ac116150d14369a5ec113f13cecf4.png

xiaoan3000.inp

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发表于 Post on 2022-4-12 01:31:41 | 只看该作者 Only view this author
LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师,我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理,下边是输入文件。总共有24个分子,264个原子,跑 ...

先在低一些的温度,诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回帖时记得点帖子下方的回复按钮,否则对方收不到通知。
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发表于 Post on 2022-4-12 09:25:22 | 只看该作者 Only view this author
LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师,我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理,下边是输入文件。总共有24个分子,264个原子,跑 ...

你这应该是跑完后的真实原子运动轨迹,没有经过周期性处理吧
在VMD中
pbc set {a b c alpha beta gama} -all
pbc wrap -all
就可以了
参考:https://www.cp2k.org/exercises:2021_uzh_acpc2:installation
两个对易的厄米算子可以有共同本征函数集

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发表于 Post on 2022-4-12 22:04:13 | 只看该作者 Only view this author
LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师,我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理,下边是输入文件。总共有24个分子,264个原子,跑 ...

总感觉看你的这张图,整个体系已经是不收敛的状态了,你确定至今你的out文件中都没有报错吗?
你用
  1. grep WARNING ***.out
复制代码
检查一下你的输出文件,或许已经在某些步之后就开始报错了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 15:44:43 | 只看该作者 Only view this author
nusiew 发表于 2022-4-12 09:25
你这应该是跑完后的真实原子运动轨迹,没有经过周期性处理吧
在VMD中
pbc set {a b c alpha beta gama} ...

之前已经加过周期性试过了,还是这个样子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 15:45:28 | 只看该作者 Only view this author
吞木木 发表于 2022-4-12 22:04
总感觉看你的这张图,整个体系已经是不收敛的状态了,你确定至今你的out文件中都没有报错吗?
你用 检查 ...

out文件里确实有一个WARNING,写的是WARNING in qs_scf.F:576 :: SCF run NOT converged

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 15:52:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-12 01:31
先在低一些的温度,诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回 ...

好的老师,但是在out文件里发现了WARNING in qs_scf.F:576 :: SCF run NOT converged显示SCF不收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 15:54:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-12 01:31
先在低一些的温度,诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回 ...

并且在能量最小化的输出文件里也显示WARNING in dbcsr_mm.F:294 :: Using a non-square number of MPI ranks

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发表于 Post on 2022-4-14 15:04:50 | 只看该作者 Only view this author
LLYYTT 发表于 2022-4-13 15:54
并且在能量最小化的输出文件里也显示WARNING in dbcsr_mm.F:294 :: Using a non-square number of MPI ra ...

这个提示不用管
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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