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本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-10-20 04:05 编辑
我看到jctc.9b00815一文中，作者使用一些flat well restraint让一个磷脂层分为左右两块，左边是DLPC右边是DPPC，作者用的是OpenMM，我很感兴趣在我自己的系统（gromacs/plumed）实现他。
我现在的实现方式是按照这样写plumed文件
x0: FIXEDATOM AT=0,0,0
x1: FIXEDATOM AT=7.0,0,0
DL0: DISTANCE ATOMS=2,x0 COMPONENTS
UPPER_WALLS ARG=DL0.x AT=4.5 KAPPA=1000 EXP=2 LABEL=Luwall_0
DP0: DISTANCE ATOMS=1612,x1 COMPONENTS
UPPER_WALLS ARG=DP0.x AT=4.5 KAPPA=1000 EXP=2 LABEL=Puwall_0
等于整个盒子是14.0*7.5 （nm）所以我的setup是在x=0和x=7.0处分别放两个虚拟原子，让左边的磷脂距离x=0不超过4.5，右边磷脂距离x=7.0不超过4.5。
但现在的问题就是如果只作用在两个原子上还好，作用在全部的200个左边的磷脂和右边的200个左边的磷脂就完全跑不动，真的是一步也要跑很久那样。
想问问各位大佬的意见。
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发表于 Post on 2019-10-20 04:03:52
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