请问大家都怎么判断自己的模拟的正确性呢?

jase20 · 发表于 Post on 2017-12-7 23:44:21

因为自己一个人弄全原子，老师师兄师姐都弄自己的程序。每次弄完模拟，总不敢确保自己的模拟是否存在artificial的成分，比如说是不是哪里的相互作用没有计算，因为自己定义过constraint，写了exclusion，再比如说是不是哪里的14相互作用不能排除…有时模拟过程好好的，突然十几ns跑出来几个lincs warning…都感觉莫名其妙…都不知道到底该如何确保自己的模拟是正确的…感觉很心累。请问论坛里的各位前辈都是怎么看待这个问题的呢?

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-8 13:05:35

这个话题很大，只能很笼统一说。基本上，首先要掌握足够的理论知识、程序使用经验，并且怀着极度严谨的态度，去写输入文件。然后就是观察模拟结果的合理性，一方面看有没有显而易见的硬伤，没有的话，再结合化学和理论直觉，判断结果是否有意义。

jase20 · 发表于 Post on 2017-12-9 08:31:26

sobereva 发表于 2017-12-8 13:05
这个话题很大，只能很笼统一说。基本上，首先要掌握足够的理论知识、程序使用经验，并且怀着极度严谨的态度 ...

谢谢sob老师！

yjcmwgk · 发表于 Post on 2017-12-9 17:41:49

1. 熟悉各种方法和基组的适用范围，熟悉大部分benchmark文章。这一条保证你大差不离。
2. 搜索实验文章，尽量比照实验结果。这就差不多了。
3. 还差一点儿？那就是信仰了

jase20 · 发表于 Post on 2017-12-10 11:49:16

yjcmwgk 发表于 2017-12-9 17:41
1. 熟悉各种方法和基组的适用范围，熟悉大部分benchmark文章。这一条保证你大差不离。
2. 搜索实验文章， ...

嗯嗯，谢谢前辈

shiyunshiy · 发表于 Post on 2018-2-3 00:03:37

这个信仰说的真好啊，呵呵。受教了，还真得是首先自己有信心。

njfuzjs · 发表于 Post on 2018-3-29 12:43:01

尽可能找实验对照吧，还有就是不违背直觉和基本原理

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[科研杂谈] 请问大家都怎么判断自己的模拟的正确性呢?

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