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[GROMACS] 硼的力场参数选取

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楼主
目前要做两个有机小分子的混合形貌的模拟,但是其中一个小分子含有硼(B)元素。以前用的均是GAFF力场,但GAFF力场里面没有硼元素。目前想到的方法有下面几种:
(1)直接用UFF力场,该力场覆盖全周期表,但是由于以前没用过该力场,不知道对于有机小分子,该力场参数是否理想;
(2)仍然用GAFF力场,但是把其他含有B的力场的力场参数(比如UFF里面关于B的)直接取过来,这样做是否合理?
(3)自己拟合力场参数。会拟合二面角这样的参数,但是像键长、键角这样的参数没有拟合过。不知道是否很复杂。

恳请sob老师指点一二。谢谢~

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发表于 Post on 2018-4-17 05:34:33 | 只看该作者 Only view this author
没做过含硼的化合物,不知UFF准确性如何,不过键长键角参数应该是没问题的(再烂的力场一般也不会把键长键角搞砸),可以直接拿来用,然后自己拟合二面角

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