求助：分子动力学模拟后，盒子里的物质跑到了盒子外面，且RDF没有峰

ZZZcb · 发表于 Post on 2022-3-16 11:34:27

本帖最后由 ZZZcb 于 2022-3-16 11:41 编辑

各位老师好，想请教各位老师一个问题。利用ms软件建立的泡沫液膜模型，先是建立了两个气体层、两个表面活性剂层和一个水盒子，然后再将气层、表面活性剂层和水层通过build layer组合在一起，如图1。forcite模块结构优化后进行3ns的分子动力学模拟，模拟结束后气体分子、表面活性剂分子、水分子都分散到盒子外面了，如图2，请问各位老师这是什么问题呢？我在初始阶段的set在后续模拟阶段都跑到了盒子外面，后面分析表面活性剂头基氧周围水分子氧的RDF的时候没有峰出现，如图3。

doooj · 发表于 Post on 2022-3-22 17:58:29

MS是周期性边界，你可以试着把显示方式改为in cell再看一下，如果设置没有出错的话，你可以再跑一次试一下

ZZZcb · 发表于 Post on 2022-4-14 21:45:56

doooj 发表于 2022-3-22 17:58
MS是周期性边界，你可以试着把显示方式改为in cell再看一下，如果设置没有出错的话，你可以再跑一次试一下

谢谢do老师，显示方式这个我改啦，但是我的RDF还是和文献还是不一样，文献中的RDF峰很明显，如下图。而我的峰很杂，如主贴所示。这是为什么呢？

ProDreamer · 发表于 Post on 2023-1-27 16:48:58

请问楼主有解决问题么

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