计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 22157|回复 Reply: 27
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助TDDFT计算旋光度?

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

49

eV
积分
60

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 hplc2008 于 2016-1-31 11:06 编辑

本人利用TDDFT计算旋光,总是死在l914.exe
关键词:# p td=(nstates=10) b3lyp/6-31g* scrf=(solvent=methanol) geom=connectivity CPHF=RdFreq  polar=OptRot
波长589.0nm
请高人指点错误之处,感激不尽!

zH183.log

1 Bytes, 阅读权限: 50, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124706

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-1-31 08:20:38 | 只看该作者 Only view this author
把完整输入输出文件压缩下传上来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

11

帖子

0

威望

49

eV
积分
60

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-31 09:14:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师我已上传了计算的文件,请帮我看看那里有问题,谢谢!!!!!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124706

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-1-31 09:33:55 | 只看该作者 Only view this author
貌似你的输入文件和输出文件不太对应
输入文件第二步是
# p b3lyp/6-31g* td=(nstates=10,root=10) scrf=(solvent=methanol) polar=optrot geom=check guess=read cphf=rdfreq
输出文件第二步显示的是
# p b3lyp/6-31g* td=(nstates=10) scrf=(solvent=methanol) polar=optrot
geom=check guess=read

另外,你用的高斯版本太老,是A.01,bug太多,建议改用D.01
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

11

帖子

0

威望

49

eV
积分
60

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-31 09:41:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hplc2008 于 2016-1-31 09:44 编辑

那个root是我改写进去的,计算时没有,我本想改写后计算看行不行!!!我没有D.01版。

我写的关键词没有问题是吗?

104

帖子

2

威望

3237

eV
积分
3381

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2016-1-31 12:15:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-31 08:20
把完整输入输出文件压缩下传上来

看到这个求助,顺便在此求教Sob老师:读文献发现旋光度计算有的用DFT(不含时)、有的用TD-DFT方法。不清楚什么情况下用DFT、什么情况下得用TD-DFT?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124706

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2016-1-31 14:25:49 | 只看该作者 Only view this author
hplc2008 发表于 2016-1-31 09:41
那个root是我改写进去的,计算时没有,我本想改写后计算看行不行!!!我没有D.01版。

我写的关键词没有 ...

D.01在本版资源交流区就有
A.01太老
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124706

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-1-31 14:26:23 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2016-1-31 12:15
看到这个求助,顺便在此求教Sob老师:读文献发现旋光度计算有的用DFT(不含时)、有的用TD-DFT方法。不清 ...

说用DFT的实际上就是TDDFT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

104

帖子

2

威望

3237

eV
积分
3381

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2016-1-31 16:14:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-31 14:26
说用DFT的实际上就是TDDFT

就是说旋光度计算得用TDDFT。谢谢!

11

帖子

0

威望

49

eV
积分
60

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-31 23:27:50 | 只看该作者 Only view this author
含时的是不是要加td=(),DFT不用加是吗?
计算一定得用含时的吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124706

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2016-2-1 00:39:49 | 只看该作者 Only view this author
hplc2008 发表于 2016-1-31 23:27
含时的是不是要加td=(),DFT不用加是吗?
计算一定得用含时的吗?


就用polar=OptRot CPHF=RdFreq就够了,不要写TD
TDDFT是在这类型计算时理论层次上会涉及到的,但是你不用写TD来表示做一般性的TDDFT电子激发计算。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

207

帖子

1

威望

3865

eV
积分
4092

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2016-2-3 17:47:46 | 只看该作者 Only view this author
楼主,你这个计算和实际测试的误差大吗?我看了一些这方面的文献,感觉很难计算,对于一个手性小分子而言,采用的的方法和基组都很大了,结果也不理想:有的连正负都算不对,更不用说数值了,如果是大的分子,就很难算得动了,太费时间了,而且结果也不好说。请问楼主计算得如何?谢谢!

207

帖子

1

威望

3865

eV
积分
4092

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2016-2-3 18:22:42 | 只看该作者 Only view this author
从文献上找了一个分子,我算了一下如下,结果如下:

输入文件:


  1. %chk=or1.chk
  2. # b3lyp/6-311+g** opt freq

  3. Title Card Required

  4. 0 1
  5. C                 -1.81661868    0.71874227   -0.02995386
  6. H                 -1.29576013   -0.16152962   -0.34416362
  7. H                 -1.37450660    1.57793245   -0.48955057
  8. H                 -2.84405289    0.64796662   -0.32024638
  9. C                 -1.72383932    0.85094818    1.50155311
  10. C                 -1.73590925    2.07748999    2.07776189
  11. H                 -1.64984590   -0.02561221    2.11070568
  12. C                 -1.74797916    3.30403168    2.65397091
  13. H                 -1.82196840    4.18059236    2.04481824
  14. C                 -1.65520579    3.43623705    4.18547828
  15. H                 -0.62777262    3.50701065    4.47577501
  16. H                 -2.17606392    4.31650987    4.49968613
  17. H                 -2.09732140    2.57704762    4.64507299

  18. --link1--
  19. %chk=or1.chk
  20. # b3lyp/6-311+g** polar=optrot geom=allcheck guess=read cphf=rdfreq

  21. 589.3nm

  22. --link1--
  23. %chk=or2.chk
  24. # hf/6-311+g** opt freq

  25. Title Card Required

  26. 0 1
  27. C                 -1.81661868    0.71874227   -0.02995386
  28. H                 -1.29576013   -0.16152962   -0.34416362
  29. H                 -1.37450660    1.57793245   -0.48955057
  30. H                 -2.84405289    0.64796662   -0.32024638
  31. C                 -1.72383932    0.85094818    1.50155311
  32. C                 -1.73590925    2.07748999    2.07776189
  33. H                 -1.64984590   -0.02561221    2.11070568
  34. C                 -1.74797916    3.30403168    2.65397091
  35. H                 -1.82196840    4.18059236    2.04481824
  36. C                 -1.65520579    3.43623705    4.18547828
  37. H                 -0.62777262    3.50701065    4.47577501
  38. H                 -2.17606392    4.31650987    4.49968613
  39. H                 -2.09732140    2.57704762    4.64507299

  40. --link1--
  41. %chk=or2.chk
  42. # hf/6-311+g** polar=optrot geom=allcheck guess=read cphf=rdfreq

  43. 589.3nm

复制代码


部分结果如下:

DFT结果:Molar Mass =     68.1182 grams/mole, [Alpha] ( 5893.0 A) =      103.70 deg
HF结果:Molar Mass =     68.1182 grams/mole, [Alpha] ( 5893.0 A) =       82.36 deg

似乎这个结果还可以,不知道结果是误差互相抵消了,还是能够预测这个分子的旋光度?

11

帖子

0

威望

49

eV
积分
60

Level 2 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-15 11:29:20 | 只看该作者 Only view this author
旋光度计算出来也不是很对的上,有时误差也大,只要初始结构对计算的正负一般没发现问题

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2017-8-19 21:46:17 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,计算旋光用什么泛函和基组较好,需要考虑添加弥散函数吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 19:16 , Processed in 0.180490 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list