新手关于高斯计算中原子坐标的问题

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-11-1 10:46:02

大家好，我再算6个碳原子成环时的C12-C13碳同位素端点成环时候的能垒，我在GJF文件里将10号碳原子的坐标处定义成了(Iso=13)同位素，此时的笛卡尔坐标是X＞0，Y>0,Z<0；但是在优化结束之后的10号C13同位素的碳原子的笛卡尔坐标变成了X<0，Y>0，Z<0。就是优化前后对C13同位素原子的坐标产生了变化。因为优化找过渡态会产生一定频率的震动，所以这是正常现象吧？所以在在将原子标注成碳同位素原子时（Iso=13），只以输入文件的gjf的坐标为准，无需看输出的out.文件的坐标吧。感谢大家答疑解惑！

chands · 发表于 Post on 2022-11-1 11:34:32

你说的是坐标的绝对值。Gaussian可能先做坐标对准再计算，就是坐标旋转平移，这时坐标的绝对值变了，但是各原子间的相对坐标不变。

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-11-1 12:02:55

chands 发表于 2022-11-1 11:34
你说的是坐标的绝对值。Gaussian可能先做坐标对准再计算，就是坐标旋转平移，这时坐标的绝对值变了，但是各 ...

好的谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-1 15:56:07

搞清楚什么叫标准朝向（standard orientation）。仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-11-2 09:51:24

sobereva 发表于 2022-11-1 15:56
搞清楚什么叫标准朝向（standard orientation）。仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
ht ...

好的谢谢

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-11-2 10:09:26

sobereva 发表于 2022-11-1 15:56
搞清楚什么叫标准朝向（standard orientation）。仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
ht ...

请问计算碳同位素分馏，原子的输出坐标与输入坐标不一致的话，影响算的能垒吗？我想的是会不会是计算的体系是对称，然后计算的时候会忽略带有C13的碳同位素原子位置，导致计算的结果不太一样？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-3 08:35:56

Yuqibai 发表于 2022-11-2 10:09
请问计算碳同位素分馏，原子的输出坐标与输入坐标不一致的话，影响算的能垒吗？我想的是会不会是计算的体 ...

只有内坐标的改变才影响结果
好好看博文搞清楚输入朝向和标准朝向的关系

Yuqibai · 发表于 Post on 2022-11-3 10:44:22

sobereva 发表于 2022-11-3 08:35
只有内坐标的改变才影响结果
好好看博文搞清楚输入朝向和标准朝向的关系

好的我再仔细看一遍谢谢

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[Gaussian/gview] 新手关于高斯计算中原子坐标的问题