amber 计算 resp 和 bcc电荷报错

hamtaro

计算金属配合物体系，带一个正电荷

先试着计算bcc电荷，输入： （8365.mol2 附件在下面了）
antechamber -i 8365.mol2 -fi mol2 -o 8365_bcc.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 1 -pf y

报错：
For atom[1]:Cu1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen
Info: Bond types are assigned for valence state 1 with penalty of 1
Total number of electrons: 139; net charge: 1
INFO: Number of electrons is odd: 139
      Please check the total charge (-nc flag) and spin multiplicity (-m flag)
Running: /home/blamder/Software/amber/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run "/home/blamder/Software/amber/amber16/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit

于是先用gaussian计算resp电荷（8365.log 附件在下面了）
再输入：
antechamber -i 8365.log -fi gout -o 8365_resp.mol2 -fo mol2 -c resp -nc 1 -j 1 -at amber
报错：
sh: 1: /home/blamder/Software/amber/amber16/bin/respgen: not found
Error: cannot run "/home/blamder/Software/amber/amber16/bin/respgen -i ANTECHAMBER_RESP.AC -o ANTECHAMBER_RESP1.IN -f resp1 -e 1" in resp() of charge.c properly, exit


请问原因！感谢！

sobereva

用Multiwfn算RESP多好，超级方便快捷，什么破事都没有，仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

另见
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

用antechamber算RESP电荷已经完全是过时做法了，体系带个过渡金属、成键诡异点还算不了，为了算个电荷还得编一个臃肿的ambertools

hamtaro

感谢sob老师！
（吃下一波安利...)