Shermo程序能否用于周期性体系？

watfros · 发表于 Post on 2020-6-24 15:09:28

我用dmol3计算了一些热力学数据，然后根据输出结果用Shermo重新进行了计算，结果中ZPE是对的，但是S U H G 都不一样，不知道是不是因为周期性体系的问题

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-24 15:42:03

不支持周期性体系。诸如周期性体系没有平动转动贡献

smutao · 发表于 Post on 2020-6-25 06:38:46

试试phonopy

watfros · 发表于 Post on 2020-6-25 09:13:35

smutao 发表于 2020-6-25 06:38
试试phonopy

phonopy可以通过频率计算热力学量吗？

watfros · 发表于 Post on 2020-6-25 09:14:46

sobereva 发表于 2020-6-24 15:42
不支持周期性体系。诸如周期性体系没有平动转动贡献

我看了输出文件中的振动贡献，跟最终结果比较接近，但仍有一定的差距，有什么改进方法吗

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-6-25 09:23:01

watfros 发表于 2020-6-25 09:14
我看了输出文件中的振动贡献，跟最终结果比较接近，但仍有一定的差距，有什么改进方法吗

周期性体系的振动熵是个很复杂的问题，不能套用孤立体系的公式，没法做什么“改进”。老实用VASP或QE + PHONOPY吧

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-6-25 21:13:31

同#2楼。振动贡献计算的方法应该一样，对固体没有平动转动贡献。

对于DMol3，与VASP类似，只能考虑声子在BZ的Gamma点（即不包含多个q点），要保证计算可靠就得用足够大的晶格，如果要得到声子的色散关系就得对这个超晶格的结果做反折叠，这个过程与Phonopy建立超晶格计算然后再反折叠是一致的，公式也一样（除了没有计入不同q点的部分，所以才要通过超晶格反折叠，其余自行对照）。反过来说，VASP或QE也可以把分子放入较大的格子中计算振动，然后再加上对应结构的平动和转动来计算孤立体系的自由能。

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