计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13314|回复 Reply: 21
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助Operation on file out of range的解决方法?

[复制链接 Copy URL]

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 @future 于 2021-8-15 10:25 编辑

各位老师,前辈们好!我在对复合物进行优化时,出现Operation on file out of range错误,重新提交后也没能成功,求助了身边的师兄师姐,还是没有解决问题,所以向各位老师,前辈请教,如何解决这个问题?(输出文件和部分log文件如下)输出文件:
---------------------------------------------------------------------

%mem=50GB
%nprocshared=10
%chk=2.chk
#p opt freq b3lyp/6-311++g(d,p)  em=gd3bj

2.chk

0 1
C                 -4.52541100    1.38027400   -0.16741300
H                 -3.66411300    1.54101100   -0.82438900
H                 -4.91350400    2.35319000    0.14110400
C                 -4.08201200    0.60311300    1.05574400
H                 -3.28548200    1.14756900    1.58045100
H                 -4.92841100    0.44937400    1.73956200
O                 -3.59298300   -0.65588900    0.60056000
C                 -3.11926700   -1.49773900    1.62944600
H                 -2.41917400   -0.95003800    2.27517600
H                 -3.94706400   -1.86303500    2.25542000
C                 -2.40900000   -2.67351800    0.99610400
H                 -2.02912100   -3.33268500    1.78818200
H                 -3.10000900   -3.24860000    0.36534600
O                 -1.33406200   -2.17833100    0.21042300
C                 -0.41181100   -3.17520400   -0.22221700
H                  0.15190700   -3.55114900    0.64082300
H                 -0.95167800   -4.01349000   -0.68342000
C                  0.52614900   -2.57134600   -1.24225800
H                  1.17612700   -3.36625400   -1.64029700
H                 -0.05695600   -2.15891900   -2.07747700
O                  1.28836500   -1.55784600   -0.62654000
C                  2.01318800   -0.77211600   -1.56269900
H                  2.71045600   -1.40314300   -2.13170200
H                  1.31233900   -0.29931600   -2.26387700
C                  2.78145700    0.30304600   -0.83504400
H                  3.14494500    1.03756300   -1.56949200
H                  2.11382900    0.82083700   -0.13664200
O                  3.87463300   -0.27971300   -0.14709300
C                  4.57016000    0.65054700    0.65704000
H                  4.89340300    1.51627100    0.05985700
H                  3.91700200    1.01873700    1.46322300

---------------------------------------------------------------------
部分log文件:
Rotational constants (GHZ):      0.0892566      0.0415605      0.0360168
Leave Link  202 at Thu Jul 29 08:49:25 2021, MaxMem=  6710886400 cpu:         0.0
(Enter /home/wangwanghuai/soft/g09/l301.exe)
Standard basis: 6-311++G(d,p) (5D, 7F)
Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
There are  1247 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are  1208 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
  1208 basis functions,  1854 primitive gaussians,  1247 cartesian basis functions
   155 alpha electrons      155 beta electrons
       nuclear repulsion energy      4923.3934300201 Hartrees.
IExCor=  402 DFT=T Ex+Corr=B3LYP ExCW=0 ScaHFX=  0.200000
ScaDFX=  0.800000  0.720000  1.000000  0.810000 ScalE2=  1.000000  1.000000
IRadAn=      0 IRanWt=     -1 IRanGd=            0 ICorTp=0 IEmpDi=141
NAtoms=   89 NActive=   89 NUniq=   89 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6Disp:  Grimme-D3(BJ) Dispersion energy=       -0.1548644451 Hartrees.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =     4923.2385655750 Hartrees.
Leave Link  301 at Thu Jul 29 08:49:25 2021, MaxMem=  6710886400 cpu:         0.4
(Enter /home/wangwanghuai/soft/g09/l302.exe)
NPDir=0 NMtPBC=     1 NCelOv=     1 NCel=       1 NClECP=     1 NCelD=      1
         NCelK=      1 NCelE2=     1 NClLst=     1 CellRange=     0.0.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=  1208 RedAO= T EigKep=  1.15D-06  NBF=  1208
NBsUse=  1206 1.00D-06 EigRej=  2.80D-07 NBFU=  1206
Precomputing XC quadrature grid using
IXCGrd= 4 IRadAn=           0 IRanWt=          -1 IRanGd=           0 AccXCQ= 0.00D+00.
Generated NRdTot=       0 NPtTot=           0 NUsed=           0 NTot=          32
NSgBfM=  1078  1087  1096  1113  1115 MxSgAt=    89 MxSgA2=    89.
Leave Link  302 at Thu Jul 29 08:49:29 2021, MaxMem=  6710886400 cpu:        35.0
(Enter /home/wangwanghuai/soft/g09/l303.exe)
DipDrv:  MaxL=1.
Leave Link  303 at Thu Jul 29 08:49:29 2021, MaxMem=  6710886400 cpu:         2.4
(Enter /home/wangwanghuai/soft/g09/l401.exe)
Lowest energy guess from the checkpoint file:  "2tp-phgas-of.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.999973   -0.002902   -0.004266   -0.005175 Ang=  -0.84 deg.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.999159    0.013722    0.018126    0.034134 Ang=   4.70 deg.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
CkInt1:  FT= 2.51D-01
Max alpha theta= 13.921 degrees.
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=     1456848 IPos=           0 Q=   47277885125960


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    82 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =   121576960 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base         23691900        949248      11292672      10551808        185856      22044672
End          23692288        950272      11293184      10553344        187392      22961664
End1         23692288        950272      11293184      10553344        187392      22961664
Wr Pntr      23691900        949248      11292672      10551808        185856      22044672
Rd Pntr      23691900        949248      11292672      10551808        185856      22044672
Length            388          1024           512          1536          1536        916992

Number              0             0             0             0             0             0
Base         11840000      13302272      11283968        927232      20036608      29521408
End          11844096      13469184      11288064        931328      20584448      61655904
End1         11844096      13469184      11288064        931328      20584448      61655904
Wr Pntr      11840000      13302272      11283968        927232      20581888      30978256
Rd Pntr      11840000      13302272      11283968        927232      20581888      29708648
Length           4096        166912          4096          4096        547840      32134496

Number              0           501           502           503           508           511
Base         63124619         43520        918528        180224        950272        502784
End         121576960         44520        924445        181026        950302        611131
End1        121576960         44544        924672        181248        950784        611328
Wr Pntr      63124619         43520        918528        180224        950272        502784
Rd Pntr      63124619         43520        918528        180224        950272        502784
Length       58452341          1000          5917           802            30        108347

Number            514           515           516           517           518           520
Base          6062592       3141632        950784      10441728       8250880        948736
End           6792828       6062576       3141492      10549240      10441588        948746
End1          6793216       6062592       3141632      10549248      10441728        949248
Wr Pntr       6062592       3141632        950784      10441728       8250880        948736
Rd Pntr       6792828       3141632        950784      10441728       8250880        948736
Length         730236       2920944       2190708        107512       2190708            10

Number            521           522           523           524           526           528
Base           908800      11288064      10549248      14930432      20584448      13469184
End            908835      11289270      10551660      16387280      22040088      14199420
End1           909312      11289600      10551808      16387584      22040576      14199808
Wr Pntr        908800      11289269      10549248      16387280      20584448      13469184
Rd Pntr        908800      11288064      10549248      16387280      20584448      13469184
Length             35          1206          2412       1456848       1455640        730236

Number            530           532           534           536           538           551
Base         10553344      14199808      16387584      17118208      17848832        906240
End          11283580      14930044      17117820      17848444      18579068        906278
End1         11283968      14930432      17118208      17848832      18579456        906752
Wr Pntr      10553344      14199808      16387584      17848444      18579068        906240
Rd Pntr      10553344      14199808      16387584      17118208      17848832        906278
Length         730236        730236        730236        730236        730236            38

Number            552           559           561           562           563           565
Base           905216         74752        906752        898048      11291136         76288
End            905246         74754        906753        905075      11292344         76772
End1           905728         75264        907264        905216      11292672         76800
Wr Pntr        905216         74752        906752        898048      11291136         76288
Rd Pntr        905216         74752        906752        905075      11291136         76288
Length             30             2             1          7027          1208           484

Number            571           575           577           579           580           581
Base         22961664        190464         75776        905728         72192        924672
End          23691900        502765         75828        905817         74647        927199
End1         23691900        502784         76288        906240         74752        927232
Wr Pntr      22961664        190464         75776        905728         72192        924672
Rd Pntr      22961664        190464         75828        905728         72192        924672
Length         730236        312301            52            89          2455          2527

Number            582           583           584           598           603           605
Base         22040576         75264        931328         76800      11844096      11844608
End          22044200         75354        931862         76803      11844097      11844609
End1         22044672         75776        932352         77312      11844608      11845120
Wr Pntr      22040576         75264        931328         76800      11844096      11844608
Rd Pntr      22040576         75264        931328         76800      11844096      11844608
Length           3624            90           534             3             1             1

Number            606           619           634           665           670           672
Base         11289600        932352      61655904        181248        909312         41984
End          11290806        945221      63124619        185428        918285         42347
End1         11291136        945664      63124619        185856        918528         42496
Wr Pntr      11290806        932352      61655904        181248        909312         41984
Rd Pntr      11289600        932352      61655904        181248        918285         41984
Length           1206         12869       1468715          4180          8973           363

Number            674           685           695           698           701           729
Base           187392      11845120        945664        907776        611328      23692288
End            188225      13301968        948451        908310        897561      28064040
End1           188416      13302272        948736        908800        898048      28064256
Wr Pntr        187392      11845120        945664        907776        611328      23692288
Rd Pntr        187392      13301968        945664        907776        611328      23692288
Length            833       1456848          2787           534        286233       4371752

Number            742           761           783           989           991           992
Base          8250368        907264      11293184         44544         65536         65024
End           8250400        907265      11839560         64544         72098         65033
End1          8250880        907776      11840000         65024         72192         65536
Wr Pntr       8250368        907264      11293184         44544         65536         65024
Rd Pntr       8250368        907264      11293184         44544         72098         65033
Length             32             1        546376         20000          6562             9

Number            993           994           995           996           997           998
Base            43008         40448         42496         41472        188416         40960
End             43208         40478         42516         41672        190092         41160
End1            43520         40960         43008         41984        190464         41472
Wr Pntr         43008         40448         42496         41472        188416         40960
Rd Pntr         43208         40478         42516         41672        190092         41160
Length            200            30            20           200          1676           200

Number            999          2551          2556          9999
Base            77312       6793216      28064256      18579456
End            179816       8250064      29521104      20036304
End1           180224       8250368      29521408      20036608
Wr Pntr         77312       8250064      29521104      20036304
Rd Pntr         79816       8250064      29521104      20036304
Length         102504       1456848       1456848       1456848


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    52 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =    14719488 FType=2 FMxFil=10000

Number              0             0             0             0             0             0
Base          6375572       1509393       6359083      11779313       3446595      14719161
End           7103487       1513015       6360291      13249236       4903443      14719488
End1          7103487       1513015       6360291      13249236       4903443      14719488
Wr Pntr       6375572       1509393       6359083      11779313       3446595      14719161
Rd Pntr       6375572       1509393       6359083      11779313       3446595      14719161
Length         727915          3622          1208       1469923       1456848           327

Number            501           502           503           508           511           520
Base          2973487       2974487       7104683         40448       2989377       3134181
End           2974487       2980404       7105485         40478       3097724       3134191
End1          2974487       2980404       7105485         40478       3097724       3134191
Wr Pntr       2973487       2974487       7104683         40448       2989377       3134181
Rd Pntr       2973487       2974487       7104683         40448       2989377       3134181
Length           1000          5917           802            30        108347            10

Number            521           522           524           526           528           530
Base          3446560       6373162       4903443      10323673       7394796       8125032
End           3446595       6375572       6359083      11779313       8125032       8855268
End1          3446595       6375572       6359083      11779313       8125032       8855268
Wr Pntr       3446560       6373162       4903443      10323673       7394796       8125032
Rd Pntr       3446560       6375572       4903443      10323673       7394796       8125032
Length             35          2410       1455640       1455640        730236        730236

Number            532           534           536           538           551           552
Base          8855268       9585504       1513015       2243251       3134221       3134191
End           9585504      10315740       2243251       2973487       3134259       3134221
End1          9585504      10315740       2243251       2973487       3134259       3134221
Wr Pntr       8855268       9585504       1513015       2243251       3134221       3134191
Rd Pntr       8855268       9585504       2243251       2973487       3134221       3134191
Length         730236        730236        730236        730236            38            30

Number            561           562           563           565           575           577
Base          3127101       3127102      10315740      10316948       3134259       3134129
End           3127102       3134129      10316948      10317432       3446560       3134181
End1          3127102       3134129      10316948      10317432       3446560       3134181
Wr Pntr       3127101       3127102      10315740      10316948       3134259       3134129
Rd Pntr       3127101       3127102      10315740      10316948       3134259       3134129
Length              1          7027          1208           484        312301            52

Number            579           580           581           582           583           584
Base          7392252       7392341      10317432      10319959      10323583       3101904
End           7392341       7394796      10319959      10323583      10323673       3102438
End1          7392341       7394796      10319959      10323583      10323673       3102438
Wr Pntr       7392252       7392341      10317432      10319959      10323583       3101904
Rd Pntr       7392252       7392341      10317432      10319959      10323583       3101904
Length             89          2455          2527          3624            90           534

Number            603           605           619           634           665           670
Base          6373161       6373160       6360291         40678       3097724       2980404
End           6373162       6373161       6373160       1509393       3101904       2989377
End1          6373162       6373161       6373160       1509393       3101904       2989377
Wr Pntr       6373161       6373160       6360291         40678       3097724       2980404
Rd Pntr       6373161       6373160       6360291       1509393       3097724       2989377
Length              1             1         12869       1468715          4180          8973

Number            672           674           695           698           701           780
Base          7103487       7103850       3102438       7105485       7106019      13249236
End           7103850       7104683       3105225       7106019       7392252      14719161
End1          7103850       7104683       3105225       7106019       7392252      14719161
Wr Pntr       7103487       7103850       3102438       7105485       7106019      13249236
Rd Pntr       7103487       7103850       3102438       7105485       7106019      14719161
Length            363           833          2787           534        286233       1469925

Number            989           993           997           998
Base          3105225       3125225       3125425         40478
End           3125225       3125425       3127101         40678
End1          3125225       3125425       3127101         40678
Wr Pntr       3105225       3125225       3125425         40478
Rd Pntr       3105225       3125225       3125425         40678
Length          20000           200          1676           200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Error termination in NtrErr:

NtrErr Called from FileIO.




51

帖子

0

威望

1081

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2021-8-14 16:32:45 | 只看该作者 Only view this author
存储空间不足,硬盘太小了
专注于面向个人的量化问题解决,LAMMPS ReaxFF力场。一对一提供服务,本人个人电脑提供计算资源,双路8168,128G内存。

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-14 17:35:57 | 只看该作者 Only view this author
谢谢前辈的解决方案,我尝试一下

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-8-14 23:46:59 | 只看该作者 Only view this author
你这个体系优化加弥散毫无必要,白浪费时间和资源
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 09:22:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 @future 于 2021-8-15 10:33 编辑

1187

帖子

5

威望

2876

eV
积分
4163

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2021-8-15 09:32:07 | 只看该作者 Only view this author
@future 发表于 2021-8-15 09:22
谢谢老师!老师,因为这个体系中存在弱相互作用,所以就试着加了弥散,以确保结果更准确。老师,我去掉弥散 ...

你现在是几何优化,又不是计算相互作用能。算高精度单点能再提高计算级别。

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 10:27:18 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-8-15 09:32
你现在是几何优化,又不是计算相互作用能。算高精度单点能再提高计算级别。

老师,我是想请教一下各位老师,B3LYP-D3/6-311(d,p)方法可以计算相互作用能么?

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 10:31:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-14 23:46
你这个体系优化加弥散毫无必要,白浪费时间和资源

谢谢老师!老师,因为这个体系中存在弱相互作用,所以就试着加了弥散,以确保结果更准确。老师,我去掉弥散算的话,B3LYP-D3/6-311(d,p)方法下,可以计算相互作用能么?

444

帖子

0

威望

2578

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

9#
发表于 Post on 2021-8-15 11:12:29 | 只看该作者 Only view this author
@future 发表于 2021-8-15 10:31
谢谢老师!老师,因为这个体系中存在弱相互作用,所以就试着加了弥散,以确保结果更准确。老师,我去掉弥 ...

简单高精度计算分为优化+振动分析与单点能计算两步:如6楼所说,优化时可用较低级别,如B3LYP/def-TZVP或def2-TZVP,没有十分必要情况下不用加弥散,具体见
谈谈弥散函数和 “月份” 基组
http://sobereva.com/119
弱相互作用能的单点能计算加弥散可以提高计算精度,推荐加,此时对于你的体系级别建议不低于ma-def2-TZVP。
真·探

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 11:12:30 | 只看该作者 Only view this author
447951397 发表于 2021-8-14 16:32
存储空间不足,硬盘太小了

谢谢前辈的解决方案,我尝试一下

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 11:17:49 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-8-15 11:12
简单高精度计算分为优化+振动分析与单点能计算两步:如6楼所说,优化时可用较低级别,如B3LYP/def-TZVP或 ...

谢谢老师

51

帖子

0

威望

1081

eV
积分
1132

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2021-8-15 12:04:27 | 只看该作者 Only view this author
优化时不用加弥散,单独算单点能时候加上就行了
专注于面向个人的量化问题解决,LAMMPS ReaxFF力场。一对一提供服务,本人个人电脑提供计算资源,双路8168,128G内存。

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 12:43:52 | 只看该作者 Only view this author
447951397 发表于 2021-8-15 12:04
优化时不用加弥散,单独算单点能时候加上就行了

谢谢老师

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 13:54:59 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-8-15 09:32
你现在是几何优化,又不是计算相互作用能。算高精度单点能再提高计算级别。

好的,明白了

20

帖子

0

威望

141

eV
积分
161

Level 3 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-18 13:42:52 | 只看该作者 Only view this author
447951397 发表于 2021-8-14 16:32
存储空间不足,硬盘太小了

老师,您好!在您的指导下,我尝试把磁盘增加至10GB,结果还是如上,是磁盘数增加的少么?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 14:47 , Processed in 0.164317 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list