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[GROMACS] 关于gromacs多系综方法的问题?

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各位老师、朋友:
大家好!
      我想请教一下,gromacs可以在同一体系进行一部分NVT、一部分NVE吗?(问题1)
      我试过,好像不行。
; Temperature coupling
tcoupl                 = no
tc-grps                = group1 group2    group3    ; coupling groups
tau_t                  = 0.1        0.1         0.1         ; time constant, in ps
ref_t                   = 0          298.15    298.15    ; reference temperature, one for each group, in K

       我用上述设置温度,遇见这样的问题。使用gmx traj 输出每个组的温度都小于298.15 K,但是用gmx energy 输出体系的温度确实 298.15 K左右,这很难理解?为什么啊?(问题2)
       动能与温度和自由度有关,group1、group2、group3分别对应着自由度为0、0.5、43437.00,输出的平均温度为0 K ,40 K, 200 K。group2 是石墨烯freeze Y Y N + constraint all-bonds(写在itp文件中的),为什么group2 的自由度是0.5 ?(问题3)

       恳请大家给予帮助,谢谢!

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2#
发表于 Post on 2018-9-9 14:47:02 | 只看该作者 Only view this author
没法实现NVT+NVE系综并存

既然都把热浴关了,设定参考温度还有什么意义?
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