计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10099|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 关于gromacs多系综方法的问题?

[复制链接 Copy URL]

86

帖子

0

威望

237

eV
积分
323

Level 3 能力者

各位老师、朋友:
大家好!
      我想请教一下,gromacs可以在同一体系进行一部分NVT、一部分NVE吗?(问题1)
      我试过,好像不行。
; Temperature coupling
tcoupl                 = no
tc-grps                = group1 group2    group3    ; coupling groups
tau_t                  = 0.1        0.1         0.1         ; time constant, in ps
ref_t                   = 0          298.15    298.15    ; reference temperature, one for each group, in K

       我用上述设置温度,遇见这样的问题。使用gmx traj 输出每个组的温度都小于298.15 K,但是用gmx energy 输出体系的温度确实 298.15 K左右,这很难理解?为什么啊?(问题2)
       动能与温度和自由度有关,group1、group2、group3分别对应着自由度为0、0.5、43437.00,输出的平均温度为0 K ,40 K, 200 K。group2 是石墨烯freeze Y Y N + constraint all-bonds(写在itp文件中的),为什么group2 的自由度是0.5 ?(问题3)

       恳请大家给予帮助,谢谢!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112541

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-9-9 14:47:02 | 只看该作者 Only view this author
没法实现NVT+NVE系综并存

既然都把热浴关了,设定参考温度还有什么意义?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 16:45 , Processed in 0.544120 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list