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[建模与可视化] PACKMOL读取pdb文件时报错“无法读取原子”,如何解决

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各位老师大家好,我在使用packmol构建Ag2MoO4与Bi2WO6的混合体系时,packmol报错,pdb文件的残基号读取不为整数,于是参考Python:PDB文件中原子和残基重新编号-阿里云开发者社区后重新得到pdb文件,再次使用packmol时,又报错无法读取原子信息,想请教各位老师,如何解决该问题。
报错内容与packmol输入文件如下,pdb文件见附件:
报错:
  Reading input file... (Control-C aborts)
  ERROR: Could not read any atom from file: Ag2.pdb
  ERROR: Could not read any atom from file: Bi2.pdb
  Seed for random number generator:      1234567
  Output file: mixture.pdb
  Reading coordinate file: Ag2.pdb
At line 215 of file getinp.f90 (unit = 10, file = 'Ag2.pdb')
Fortran runtime error: End of file


packmol输入文件:
tolerance 2.0
filetype pdb
output mixture.pdb

structure Ag2.pdb
  number 1
  inside cube 0. 0. 0. 20.
end structure

structure Bi2.pdb
  number 1
  inside cube 0. 0. 0. 20.
end structure


Ag2.pdb (27 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
Bi2.pdb (17.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)




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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
这俩.pdb文件格式不规矩,Multiwfn、VMD、VESTA均无法识别。不过比起修复格式,更值得问的是“构建Ag2MoO4与Bi2WO6的混合体系”为什么要用packmol软件:鉴于二者都是固相晶体,所谓混合是指单个界面的异质结,多个晶界分隔的多晶粒/晶畴结构,原子相互替代(同一位点分数占据)形成的带晶体学无序的共晶,还是别的什么状态?
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-6 15:08
这俩.pdb文件格式不规矩,Multiwfn、VMD、VESTA均无法识别。不过比起修复格式,更值得问的是“构建Ag2MoO4 ...

我是想构建单个界面的异质结,但是目前没有找到方法,还请老师指点

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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
Yiolet 发表于 2025-8-6 18:25
我是想构建单个界面的异质结,但是目前没有找到方法,还请老师指点

善用论坛搜索功能看过往讨论,易知构建晶体异质结模型和packmol那种随机填充分子完全无关。不过我听说过的相关软件就两个,一是昂贵的商业软件M$,二是免费的VASPKIT(教程),在论坛有讨论但经验可能相对有限。其他如晶格失配度要求、晶面指标选择、晶格矢量旋转等细节还有一大堆。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-6 18:46
善用论坛搜索功能看过往讨论,易知构建晶体异质结模型和packmol那种随机填充分子完全无关。不过我听说过 ...

谢谢老师解惑,我之前用的是MS,但是由于没有版权,所以这次想试一下packmol,我去尝试一下vaspkit

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