求助几个关于溶剂化的问题

Frank · 发表于 Post on 2018-11-30 14:21:32

各位老师好，求助大家几个溶剂化相关的问题：
1）我们知道，用SMD计算溶剂化自由能应该用M052X/6-31g(d),但是如果是离子溶质的话，应该用什么泛函基组？读了JPCB上的SMD原文，但是文中M052X/6-31g(d)对于离子溶质表现一般，而且SMD原文只计算了四种溶剂；
2）SMD是否存在优化的electrostatic scaling factor （ESF）? 如果存在，而Gaussian 09和16 的默认ESF都是1.1，那实际计算中用哪个ESF？
3）我们知道PCM计算溶剂化自由能可以用UAHF/HF/6-31G(d)和UAKS/PBE0/6-31G(d)，这两种方法计算得到的溶剂化自由能哪个更准确呢？有没有相关的benchmarking文章(我没找到)？如果不指定半径类型，也就是用Gaussian默认的UFF，那么用什么泛函基组得到的溶剂化自由能较好？

谢谢，祝好！

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-30 15:53:37

1 离子也用这个就行。要想改进必须考虑显式溶剂
2 不用管这个
3 SMD用的原子半径是SMD方法直接定义的，不用去管这个，这是Gaussian中能得到溶解自由能最好的溶剂模型。UA系列早就过时了，而且有很大局限性（诸如不能用于氢转移过渡态之类），不要再去考虑。

Frank · 发表于 Post on 2018-12-2 10:56:57

sobereva 发表于 2018-11-30 15:53
1 离子也用这个就行。要想改进必须考虑显式溶剂
2 不用管这个
3 SMD用的原子半径是SMD方法直接定义的，不 ...

谢谢社长回复，请问关于第二点为什么不用管ESF?我导师让我研究下ESF对溶剂化自由能的影响，我觉得这个参数还是挺重要的。如果SMD自定义半径，但是Gaussian软件有默认的参数，那么实际计算中用的哪个呢？另外不考虑UA系列的话，PCM模型用哪个泛函基组就完全依赖于所研究的问题，是吗？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-2 12:50:24

Frank 发表于 2018-12-2 10:56
谢谢社长回复，请问关于第二点为什么不用管ESF?我导师让我研究下ESF对溶剂化自由能的影响，我觉得这个参 ...

ESF本来就不是应该由用户自己操心的事，溶剂模型都已经设好了，用户自己有没有溶剂模型开发者水平那么高，细节参数何必自己调？调完了也没什么意义。

Gaussian默认的半径参数是不使用SMD而使用IEFPCM/CPCM的时候才默认用的

UA不是唯一的原子半径类型，Gaussian里自己就有全原子类型的半径，在某些级别下可能比其它某些级别下算出来的溶解自由能更好。

总而言之，除非非常懂溶剂模型或者有极其特殊的目的，否则就用SMD就完了，零零碎碎的事都不用操心。

Frank · 发表于 Post on 2018-12-2 17:48:23

sobereva 发表于 2018-12-2 12:50
ESF本来就不是应该由用户自己操心的事，溶剂模型都已经设好了，用户自己有没有溶剂模型开发者水平那么高 ...

谢谢社长回复，老板让研究ESF对溶剂化自由能的影响，现在研究不够还不太好去拒绝这个idea。我查文献看到包括Schlegel组都做过通过调整ESF来得到溶液中更好的pKa值和氧化电势。

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-2 20:51:04

调那个无非就是凑实验数据而已
SMD用的半径细节在原文里有充分交代

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