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[Gaussian/gview] 请问用ADMP跑动力学能计算反应么?或者过渡态?

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本帖最后由 gaussian08 于 2017-10-10 01:58 编辑

本人是新手,想利用Gaussian的ADMP方法做一个簇的开环反应,实验上,反应在高温100°左右,压力在20bar左右,比较容易进行,转化率很高。我的输入如下:# M062X/6-31+G*  ADMP=(maxpoint=1000,stepsize=2000,fullscf) temperature=350.0 pressure=20.0 IOp(1/80=1000000,1/81=5,1/89=20),但计算过程分子出现不稳定结构,请问一下:
AMDP 能观察到断键-成键的过程么?
我的设置有什么问题么?

非常感谢这个论坛给我这个机会

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发表于 Post on 2017-10-10 14:13:45 | 只看该作者 Only view this author
ADMP能计算反应,也可以观察到成键-断键过程,但是没法计算过渡态。过渡态本身就是在BO近似下的产物,牵扯到核运动就没有过渡态这个概念

pressure的设置没有意义,这只对freq任务输出热力学量有影响(影响平动的贡献)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-12 04:27:32 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师的指点,我想知道计算反应是不是需要很长的时间,甚至到ns级别,这AMDP基本上完成不了啊?

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发表于 Post on 2017-10-12 12:50:48 | 只看该作者 Only view this author
gaussian08 发表于 2017-10-12 04:27
谢谢sob老师的指点,我想知道计算反应是不是需要很长的时间,甚至到ns级别,这AMDP基本上完成不了啊?

不用,ns都是经典力场的动力学才跑的。分子反应的研究跑几ps、几十ps的数量级已经够了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-12 22:52:49 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,但是有的反应,例如SN2反应,可能需要较高的能垒,是不是ADMP动力学无法跨域这个能垒,从而无法观察到反应?是不是进一步需要提高温度?

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发表于 Post on 2017-10-12 22:59:45 | 只看该作者 Only view this author
gaussian08 发表于 2017-10-12 22:52
谢谢,但是有的反应,例如SN2反应,可能需要较高的能垒,是不是ADMP动力学无法跨域这个能垒,从而无法观察 ...

可以跨越,看你设的条件
如果初始动能非常大打过去,就容易发生反应。或者你可以直接用过渡态的结构跑AIMD,马上就反应了。
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发表于 Post on 2018-9-7 07:05:40 | 只看该作者 Only view this author
请问哪个是跑分子动力学的呀?

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发表于 Post on 2018-9-8 03:56:52 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2018-9-7 07:05
请问哪个是跑分子动力学的呀?

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发表于 Post on 2018-12-25 10:02:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-10 14:13
ADMP能计算反应,也可以观察到成键-断键过程,但是没法计算过渡态。过渡态本身就是在BO近似下的产物,牵扯 ...

Sob,您好,楼主温度和压力设置不对吧,控温是通过
IOP(1/80=1000000,1/81=1,1/82=350,1/89=1),温度控制 350 +/- 1 K来控制的。但我不知道压力这样设置对不对,虽然没有没有意义。
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发表于 Post on 2018-12-26 00:15:15 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2018-12-25 10:02
Sob,您好,楼主温度和压力设置不对吧,控温是通过
IOP(1/80=1000000,1/81=1,1/82=350,1/89=1),温度控 ...

压力设置对于孤立体系计算没有意义
1L里的temperature不影响AIMD过程的实际温度,写了没有效果。得靠IOp才能设置每次调节速度后对应于多少温度
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发表于 Post on 2018-12-26 07:35:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-26 00:15
压力设置对于孤立体系计算没有意义
1L里的temperature不影响AIMD过程的实际温度,写了没有效果。得靠IOp ...

谢谢sob
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