使用 Antechamber 识别 bondtype 时报错

liyuanhe211

尝试用动力学研究一分子，用GaussView建模后获得pdb文件（已简化为能重复出相同报错的简单分子，如下图所示）

运行:

1. antechamber -i Untitled-1.pdb -fi pdb -o Untitled-1.prepin -fo prepi -c bcc -s 2
   

复制代码

后，给出如下信息:

1. Running: /home/amberuser/Program/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac
   
2. 
   
3. For atom[3]:B, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen
   
4. 
   
5. For atom[4]:AL, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen
   
6. 
   
7. The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/home/amberuser/Program/amber16/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit
   

复制代码

似乎是bondtype子程序未能识别出正确的成键类型，经检索未能找到有效地解决方法。想问如何帮助antechamber识别这一分子？或如何手动指定每个键的类型？



任务使用的 pdb 文件、运行 antechamber 生成的 ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 文件和 ATOMTYPE.INF 文件见附件

Minimum_Error.zip (2.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

2016-11-15 21:10 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

laoman

请问楼主问题解决了吗？我也遇到了类似的问题。AmberTools 的manual不建议单独运行antechamber 自动call的程序（atomtype, bondtype等）。然而现在是出错了，请问您知道antechamber拟合电荷时的大体流程吗？


管理员2019-May-15注：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，也不会因为成键、元素问题导致像antechamber那样产生不了RESP电荷。详见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

liyuanhe211

laoman 发表于 2016-12-14 17:27
请问楼主问题解决了吗？我也遇到了类似的问题。AmberTools 的manual不建议单独运行antechamber 自动call的 ...

还没有解决。
我做这个动力学模拟时是为了构象搜索，所以要求很低，只是想让动力学给自动的提供很多初猜，所以我把相应的原子都换成了构象类似的等电子体，如四配位的都换成碳、三陪位的变成亚胺，获得结构后用脚本置换输出文件中的元素，用半经验优化了。算是一个比较扯的work around.

尚不知道有什么解决方法。

laoman

我刚试了一下，好像运行antechamber的时候加个" -j 1" 的参数可以暂时忽略掉键的判断。然而我不知道在键型（Manual上写了六种：1, 2, 3, 7, 8, 9）情况下拟合的RESP电荷对不对，有没有影响？

加了上面那个参数我得到了mol_resp.ac文件，打开一看里面的BOND参数全都是0（如："BOND   57   28   29    0    C22  C23"，倒数第三项是bond type）。那么我手动根据PDB里的连接类型更改了这个bondtype的参数，再用gaff处理小分子，这回似乎能判断bondtype了，然而判断的结果和我原来修改过的mol_resp.ac还是有很大出入…………

liyuanhe211

laoman 发表于 2016-12-14 19:01
我刚试了一下，好像运行antechamber的时候加个" -j 1" 的参数可以暂时忽略掉键的判断。然而我不知道在键型 ...

谢谢提醒！
我根据你说的再试一下，看能不能找个办法比对

diaok

我也试了下B（OH）4-离子
判断键也不行
但是输出选mol2还是能看到各种拟合的电荷的

又找了下gaff和gaff2的力场文件
里面没看到B这个元素，应该是没有这个元素，所以不能识别

不过这种离子和有机物差距还是比较大的
用mk方法还是chelpg方法得到的resp电荷比较好？

qq99878510

您好  请问这个问题您解决了吗 我现在也遇到了这个问题

beyond

我之前在mailing list里面问过，貌似目前antechamber还不支持B原子！

planet5460

这种情况应该把金属单独处理，因为库里面没有金属的键连信息，把其他的作为一个整体处理。不过太长时间了，不知道对大家还有没有用处，我也是刚遇到这个错误，不过我马上意识到这个问题。