求助QM/MM选择水分子的问题

hhhnano · 发表于 Post on 2020-1-16 09:34:22

本帖最后由 hhhnano 于 2020-1-16 09:50 编辑

提取MM-MD模拟最后一帧保存为PDB文件后，作为QM的输入文件，输入如下命令划分QM区：
same residue as (all within 5 of (resname HL6))；
可是QM区看不到水分子，HL6为配体，又改为：

water and same residue as (within 5 of (resname HL6))

(resname SOL) and same residue as within 2.5 of (resname HL6)

还是看不到水分子，不知道如何修改。
附件是蛋白文件。

请教各位，非常感谢！

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-1-16 10:19:55

首先，你的MD轨迹没去周期性边界条件，你的水盒子是散的，先用cpptraj处理一下再保存结构。
你选择的时候 and表示逻辑与，表示和用or。
你的结构中，距离HL6 5 埃之内确实没有水，最近的水分子也在6埃

hhhnano · 发表于 Post on 2020-1-16 16:59:23

本帖最后由 hhhnano 于 2020-1-16 17:39 编辑

谢谢chenjinfeng850，我按照下面的方法处理不知是否正确？处理后6埃内有水分子了。

vi re_image.in

parm 4g8b-A-M-1.prmtop

trajin 4g8b-A-M-1_equil.mdcrd

center :1-278

image center familiar

trajout 4g8b-A-M-1_equil_reimaged.nc

cpptraj -i re_image.in

hhhnano · 发表于 Post on 2020-1-16 18:09:38

我在TKCONSOLE 下输入
set N [atomselect top "resname HL6"]

set C [atomselect top "within 6 of resname HL6"]

atomselect1 get resname

出来很多残基，很多重复的，如何去除重复？

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-1-16 18:48:01

我一般用get serial 获取原子编号，然后用原子编号定义QM区域

hhhnano · 发表于 Post on 2020-1-16 21:06:35

谢谢，我刚学MD，还不熟悉，在网上搜索了一下，用：
lsort -integer -uniq [$BP_residues get resid]
重复去掉了

30 31 32 33 34 76 100 101 102 103 105 124 125 128 133 137 142 143 146 159 163 187 188 191 220 247

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