eABF脚本的问题

渠梦楠 · 发表于 Post on 2019-2-25 22:05:20

本帖最后由渠梦楠于 2019-2-26 08:42 编辑

各位前辈好，我计算环肽纳米管在磷脂膜中倾斜过程中体系的PMF曲线时采用eABF方法，但是关于ABF的脚本中有个centers不知道是什么意思以及如何计算，请各位前辈指导一下！脚本及不懂地方见附件：

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-2-26 10:42:15

你这个脚本包含了很多约束，不全是eABF，跑eABF可以参考
http://bbs.keinsci.com/thread-10805-1-1.html

类似下面的话是定义了一个colvar
colvar {
name Theta

width 0.1

lowerboundary  10.0
upperboundary  15.0

lowerwallconstant  0.5
upperwallconstant  0.5

extendedLagrangian  on
subtractAppliedForce  on

angle {
   group1 {
      atomnumbers { 24727 24731 24732 24734 24735 24738  }
   }
   group2  {
      atomnumbers { 1014 1015 1016 1017 1031 1032 }
   }
   group3  {
      atomnumbers { 1057 1058 1059 1060 1074 1075 }
   }
}
}

下面的话是定义了一个约束，把Psi colvar用力常数0.0的约束到155.5的值上
harmonic {
colvars       Psi
forceConstant  0.0
centers       155.5
}

下面定义了eABF，沿Theta反应坐标做自由能计算，注意在colvar里面设置 extendedLagrangian  on和 subtractAppliedForce  on
abf {
colvars       Theta
FullSamples    5000
}

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-2-26 10:43:34

你看的这个in文件根本不是eABF的脚本，是accurate protein-ligand binding free energy计算中的一步，那个计算现在可以用BFEE插件半自动化进行了

渠梦楠 · 发表于 Post on 2019-2-26 10:58:38

fhh2626 发表于 2019-2-26 10:43
你看的这个in文件根本不是eABF的脚本，是accurate protein-ligand binding free energy计算中的一步，那个 ...

非常感谢您的回答，我会再好好看看的

渠梦楠 · 发表于 Post on 2019-2-26 21:44:06

fhh2626 发表于 2019-2-26 10:43
你看的这个in文件根本不是eABF的脚本，是accurate protein-ligand binding free energy计算中的一步，那个 ...

您好，再打扰您一下。我这个脚本里面加了许多的约束是因为有一部分原子团需要施加谐振势能，但是最后我只计算以倾斜角为X轴的PMF曲线，这个脚本最后不能计算出来PMF曲线吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-2-26 21:56:27

渠梦楠发表于 2019-2-26 21:44
您好，再打扰您一下。我这个脚本里面加了许多的约束是因为有一部分原子团需要施加谐振势能，但是最后我只 ...

可以的，我我的意思是要分清约束和自由能计算的部分，只要你理解意思，怎么设都行

渠梦楠 · 发表于 Post on 2019-2-27 08:36:34

fhh2626 发表于 2019-2-26 21:56
可以的，我我的意思是要分清约束和自由能计算的部分，只要你理解意思，怎么设都行

谢谢您的指导

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