pdb-gro转化中原子识别问题

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-1 17:28:15

首先在Materials Studio中建立含有钴原子和铁原子的物质结构，然后导出为pdb格式，再通过Gromacs的ediconf程序将pdb转化为gro格式，然后原路返回，通过Gromacs将gro格式转化为pdb格式，这时候将生成的pdb文件通过Materials Studio打开，结果发现原来的钴原子变成了碳原子，铁原子变成了氟原子。请问一下大家这个是什么原因并怎么样解决？谢谢大家。

@sobereva

wangyj · 发表于 Post on 2019-4-1 22:58:56

看起来是在某一步把原子名称的第二位舍弃了，Fe—F，Co—C，你用用写字板检查一下中间的结构文件，看看在哪一步出的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 08:16:56

自行用文本编辑器做一下字符的替换即可

gro文件里本身没有元素名的信息，只有原子名的信息

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-2 09:52:59

sobereva 发表于 2019-4-2 08:16
自行用文本编辑器做一下字符的替换即可

gro文件里本身没有元素名的信息，只有原子名的信息

谢谢您的回复。这个是前后两次转化的图片。然后我觉得可能问题所在是第一次转化成gro之后，gro文件里面的铁原子和钴原子的写法分别为Fe1和Co1，我觉得这里可能有问题，因为我看力场里面原子定义文件定义的铁的写法是FE而不是Fe，所以我将gro里面的Co1和Fe1分别改为CO和FE，然后保存接着转化为pdb文件，用MS打开还是不行。这是什么问题呢？

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-2 09:54:12

yyy1996 发表于 2019-4-2 09:52
谢谢您的回复。这个是前后两次转化的图片。然后我觉得可能问题所在是第一次转化成gro之后，gro文件里面的 ...

图片忘记上传了，这里补上。

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-2 09:54:47

wangyj 发表于 2019-4-1 22:58
看起来是在某一步把原子名称的第二位舍弃了，Fe—F，Co—C，你用用写字板检查一下中间的结构文件，看看在哪 ...

谢谢您的回复，我已经检查过了。没有舍弃第二位的这个问题。

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-4-2 11:00:41

sobereva 发表于 2019-4-2 08:16
自行用文本编辑器做一下字符的替换即可

gro文件里本身没有元素名的信息，只有原子名的信息

请教一下老师，如果我用packmol做出了含有两种分子的pdb文件，可以直接使用gmx ediconf将其转为gro文件吗？力场是oplsaa力场

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 17:35:21

晓滨MD 发表于 2019-4-2 11:00
请教一下老师，如果我用packmol做出了含有两种分子的pdb文件，可以直接使用gmx ediconf将其转为gro文件吗 ...

可

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-4-2 19:04:46

sobereva 发表于 2019-4-2 17:35
可

好的，谢谢老师

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