如何批量生成gjf文件？

算一算 · 发表于 Post on 2019-3-1 02:03:13

本帖最后由算一算于 2019-3-1 02:16 编辑

想在Linux上生成一大批相似的gjf文件，每个文件其它部分相同，只有角坐标里的角度、chk文件名、gjf文件名不同。
期待结果：某个特定的角的角度从20°开始，每隔两度生成一个文件，直到60°。相应的%chk=20，%chk=22,...直到60。gjf文件名也是相应的从20到60。文件的其它部分都保持不变（当然，受那个角影响的其它角也会变。但是二面角不变，因为是平面三角形分子。成键的键长都不变。）
这个脚本应该怎么写？

如果嫌麻烦，可以先不考虑角度的问题，就假设角度都不变，只有chk和gjf名字从20变化到60，批量生成这样的gjf的脚本该怎么写？

P.S. 我这台机器上的python有问题，好多python脚本跑不了，所以只能用python以外的东东。

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2019-3-1 02:20:13

柔性扫描

算一算 · 发表于 Post on 2019-3-1 02:33:02

一颗赛艇发表于 2019-3-1 02:20
柔性扫描

不是，我说的是要批量生成输入文件

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-3-1 03:05:16

这种问题描述方式不禁让人觉得是在直接让人免费给写脚本，而自己并没有学习写脚本的意愿（或意愿很有限）。否则根据经验，通常相应提问者的问题会是更为细化的子问题。文件名该怎么命名都说好了，自己让别人写代码连Python运行的问题都不愿自己搜索解决，咋跟产品经理似的。

这种脚本并不十分容易从头写好，随便写出一个来还比较容易，但转变角度时如何让分子其他部分一同运动需要仔细思考，并且为了脚本编写的简单，最好还得给出分子结构有哪些限制（脚本的需求应该细化），可以避免处理很多边缘情况。

编程没入门的话，还是自力更生学学如何用很低级别的方法做柔性扫描，比如分子力场级别学学Amber、半经验级别学学xTB或者MOPAC，然后用这些级别极快的做一个柔性扫描，写一个脚本将上述程序中柔性扫描的结果提取出来生成Gaussian的输入文件。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-3-1 03:13:07

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 03:05
这种问题描述方式不禁让人觉得是在直接让人免费给写脚本，而自己并没有学习写脚本的意愿（或意愿很有限）。 ...

被问题描述带偏了，如果你并不是对程序本身感兴趣，了解一下gentor。

再次，如果不是对程序本身感兴趣，只是想用这个办法来实现柔性搜索，请知悉这样做柔性搜索会浪费很多CPU time（虽然在并行上有可能会节约wall time）

算一算 · 发表于 Post on 2019-3-1 03:17:28

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 03:05
这种问题描述方式不禁让人觉得是在直接让人免费给写脚本，而自己并没有学习写脚本的意愿（或意愿很有限）。 ...

python的问题真不是我能解决的，我没权动这机器上的软件。
学写脚本当然不是一下就能学会啊，如果我都会了我也不会来问了，而且我也说了可以忽略细节啊，角度那些可以先不考虑，先考虑批量生成文件和文件名的事。文件名当然得想好了啊，要不然我该怎么描述这种状况？直接说文件名难道不是更清楚吗？你也说了，需要我提供足够的细节，那我这个不是已经最清楚了吗？
我就是想知道这个任务能用那些指令完成，如果有人提供了批量生成这种文件的指令，那我就可以把这种指令套在键角上用，其它键角怎么改我自己慢慢想就得了。
至于那个扫描，这个不是我拿到的任务，我做了也没用。

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-1 03:35:15

除非每次要改变的那个变量在内坐标下直接有对应的定义，此时通过写shell脚本可以通过循环每次修改那个变量，否则没有简单办法可以实现。如果那个变量是二面角，相对而言最简单的办法就是用molclus里的gentor，直接产生记录了不同二面角的xyz文件，然后写个脚本/程序（也就20行左右）将之转化成gjf。

算一算 · 发表于 Post on 2019-3-1 03:52:35

sobereva 发表于 2019-3-1 03:35
除非每次要改变的那个变量在内坐标下直接有对应的定义，此时通过写shell脚本可以通过循环每次修改那个变量 ...

我最主要就是想知道这个大批量生成gjf文件的脚本怎么写，20行的是什么语言，awk还是bash？感觉20行有点多啊，是因为只用一种语言所以导致行数这么多吗？是不是要用到for($i=1;$i<=$#s;$i++)这种东西？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-3-1 04:50:53

算一算发表于 2019-3-1 03:52
我最主要就是想知道这个大批量生成gjf文件的脚本怎么写，20行的是什么语言，awk还是bash？感觉20行有点多 ...

20行有点多。。。牛

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-3-1 05:08:15

本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-3-1 14:23 编辑

算一算发表于 2019-3-1 03:17
python的问题真不是我能解决的，我没权动这机器上的软件。
学写脚本当然不是一下就能学会啊，如果我都会 ...

。。。还把问题改了，就想问个重命名问题扯什么键角。

这就跟问“怎么把我家房子从海南移到北京，再刷刷墙”，人家给你解释了一堆怎么把地基挖出来，怎么把公路网都重建了，又说，移动房子嫌麻烦的话可以先不考虑，就说一下怎么刷墙吧。
浪费时间。

和你上个问题一个德性，人家给你计算了半天，你来一句：忘了说了啊、是带十个正电荷的正离子。Frustrated.

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-1 05:08:45

算一算发表于 2019-3-1 03:52
我最主要就是想知道这个大批量生成gjf文件的脚本怎么写，20行的是什么语言，awk还是bash？感觉20行有点多 ...

shell或者Fortran都可以，其它所有语言也都可以，会什么用什么，用不着混编

Mikasa · 发表于 Post on 2019-3-1 05:28:05

你在自己的用户下也没权限？机器上的Python有问题不代表你不可以在自己的用户下安装一个只给自己用的！
你自己分析的这么明白要怎么操作，那为啥不去Google搜一下呢，关键词都你自己都提炼出来了“Bash shell 如何替换文件中某一行”！20行还嫌多？那感觉你这“大批量gjf”也可以直接手动来写了<手动滑稽>

bash shell用不了20行，一个数组、一个do循环、一个cp、一个sed -i -e替换也就能搞定了。<当然，要是这几个也嫌多不想学那是没招了，直接找个“愿意”给你写脚本的吧。>

archer · 发表于 Post on 2019-3-1 10:06:46

任何编程语言都可以啊，不一定非要python啊？fortran也方便

算一算 · 发表于 Post on 2019-3-1 14:45:12

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 05:08
。。。还把问题改了，就想问个重命名问题扯什么键角。

这就跟问“怎么把我家房子从海南移到北京，再刷 ...

不知道你说的什么意思，编辑问题怎么就不行了？我让问题的语言更妥当一点还不行？难道问题就不能修改一下，打错字都要留着？
我要做的这个任务就是让键角从20°到60°，为什么不能说？这是批量生成gjf的目的。
就事论事，这个问题和我以前的问题一点联系也没有。

算一算 · 发表于 Post on 2019-3-1 14:46:23

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 04:50
20行有点多。。。牛

如果不包含输入文件的内容的话，这个不多么

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[shell脚本] 如何批量生成gjf文件？

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