MD后得到的RMSD曲线很是奇怪

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-15 22:24:13

如图所示，不管时间跑多长，在结尾的地方总是会突然往下掉。这样使用能拿来使用的frames是不是必须在分析之前用trjconv把稳定的frames挑出来

平辉正 · 发表于 Post on 2016-7-16 09:39:12

你是不是加了退火？

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-16 11:49:58

平辉正发表于 2016-7-16 09:39
你是不是加了退火？

多谢回复。这个MD没有加退火，我是跑的GROMACS Tutorial中自由能计算的那个例子，对于每个lambda都是这种情况。

shx · 发表于 Post on 2016-7-17 00:18:36

为什么从样子上看感觉是你作RMSD图的时候选择的初始结构的问题呢？是不是把MD之后的结构作为初始结构了？

青青青 · 发表于 Post on 2019-7-1 13:30:21

请问你输入的什么命令计算rmsd呢？谢谢

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[GROMACS] MD后得到的RMSD曲线很是奇怪