如何使用vmd讀取namd output中的能量

robin · 发表于 Post on 2019-8-1 10:47:51

本帖最后由 robin 于 2019-8-1 10:50 编辑

小弟我遇到個問題

使用vmd分析namd計算的結果
一般MD分析output中的能量可以簡單使用NAMD PLOT
不但可以把每步MD的各種能量(Potential.Kinetic.total等)作圖
甚至還可將每步能量的data儲存成檔案
然而目前使用QM/MM MD計算的output檔
利用NAMD PLOT竟然讀不出東西來
想請教有沒有其他方法可以將我的每步能量儲存成檔案的形式

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-8-1 11:03:16

写个python脚本，或者用notepad++，开正则表达式查找所有以ENERGY:开头的行，复制出来就行了

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