请教：MD计算含有高分子链的均相体系，需要判断高分子链本身是否达平衡吗？

yihanxu · 发表于 Post on 2019-1-30 04:13:35

本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-30 09:47 编辑

老师好，做MD计算研究含有高分子链的均相体系，跑完模拟后需要判断高分子链本身是否平衡吗？若需要，可以像蛋白质那样用RMSD（方均根偏差）吗？
谢谢。

xiaowu759 · 发表于 Post on 2019-1-30 06:47:19

当然需要，否则计算的结果不稳定、不可靠

yihanxu · 发表于 Post on 2019-1-30 07:05:08

xiaowu759 发表于 2019-1-29 16:47
当然需要，否则计算的结果不稳定、不可靠

谢谢请问该用什么验证呢？

xiaowu759 · 发表于 Post on 2019-1-30 16:25:04

有很多方式验证，比如一种广被接受的方法是看末端松弛函数

ruanyang · 发表于 Post on 2019-1-30 19:28:30

可以考虑就是均方回转半径，均方末端距以及楼上所言的末端松弛函数，体系的密度也可以作为一个衡量标准

yihanxu · 发表于 Post on 2019-1-30 23:42:15

ruanyang 发表于 2019-1-30 05:28
可以考虑就是均方回转半径，均方末端距以及楼上所言的末端松弛函数，体系的密度也可以作为一个衡量标准

谢谢。请问密度不是用来验证整个体系的吗，可以用来验证高分子链自身吗？

yihanxu · 发表于 Post on 2019-1-30 23:48:12

xiaowu759 发表于 2019-1-30 02:25
有很多方式验证，比如一种广被接受的方法是看末端松弛函数

谢谢。请问可以像蛋白质那样用RMSD（方均根偏差）吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-31 01:23:46

如果你的高分子链本身存在高度柔性，又不像蛋白质那样可以通过氢键形成稳定有序的结构，且在实际模拟过程中发现其构象不断大幅度变化，那么就不可能指望它达到所谓的平衡，也没有恰当的判断平衡的标准。实际上，很多小肽也是，模拟过程中会在很多不同构象之间反复转变，也没法靠RMSD来判断平衡。能用RMSD表明达到平衡的都得是最终能基本保持特定构象的体系。
我还是建议你先把轨迹跑出来，看看是什么特征，再考虑怎么用恰当的方式进行分析和表征。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-1-31 02:01:58

sobereva 发表于 2019-1-30 11:23
如果你的高分子链本身存在高度柔性，又不像蛋白质那样可以通过氢键形成稳定有序的结构，且在实际模拟过程中 ...

好的老师，我先跑出来。

Kangtor · 发表于 Post on 2020-12-31 16:29:26

ruanyang 发表于 2019-1-30 19:28
可以考虑就是均方回转半径，均方末端距以及楼上所言的末端松弛函数，体系的密度也可以作为一个衡量标准

请问老师，末端松弛函数如何计算？

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-5-7 11:06:53

请问各位老师，这个末端松弛函数具体是什么，或者英文名应该是啥，我Google搜中文找不到，

谢谢！

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