酶在水中对底物的结合及吸附情况的构象搜索相关问题

土拔鼠

各位老师好 想请教一下

我如果想去研究生物大分子（酶）在水中对底物（只含有C H O N四种元素的有机小分子）的结合及吸附情况（以弱相互作用为主），我在每次进行MD的时候把底物随机插入到水盒子里，模拟20ns后基本达到平衡，进行了5次重复模拟，底物吸附聚集的区域5次都不同 我没有办法判断哪一种是能量低，或者出现频率更高的结合模式

对于这种情况 我是否可以用Molclus进行构象搜索 把小分子随机放在蛋白表面 进行复合构象的自由能计算 根据玻尔兹曼分布找到几种可能的构象结合模式
如果不可以 请教一下老师 可以用什么方法去找到一个可靠的（出现频率较高的）酶-底物结合模式进行下一步的分析？

谢谢大家

fhh2626

你说的是docking吧。。。

土拔鼠

fhh2626 发表于 2019-9-5 15:54
你说的是docking吧。。。

我之前试过对接去产生初始的模拟结构 后来放弃了一方面我不太清楚docking是否可以解释水相下的蛋白与底物的结合情况 另一方面我也想去看一下蛋白与底物的结合过程（我可能没说清楚，底物分子不止一个，我按照实验浓度盒子里一共46个小分子 8000左右的水分子），所以我选择这种方法研究蛋白与底物的结合

sobereva

你当前的问题和molclus没什么关系。如果要考察最稳定结合方式，就是应当用传统的对接方法，然后拿出打分最高的一些再进一步做MD，算结合自由能
如果你是想动态研究结合过程，那就一开始把小分子放结合位点附近，等着它跑进去（当然，这个过程可能需要模拟非常长的时间）

土拔鼠

sobereva 发表于 2019-9-6 00:43
你当前的问题和molclus没什么关系。如果要考察最稳定结合方式，就是应当用传统的对接方法，然后拿出打分最 ...

谢谢sob

k64_cc

你要是知道位点，直接放进去docking就行。

要是不知道位点，您随缘吧，这玩意没法做…