求助：全原子结构转换联合原子结构的方法

tjuptz · 发表于 Post on 2019-9-6 05:33:01

本帖最后由 tjuptz 于 2019-9-6 05:35 编辑

如题，一般联合原子结构是针对特定力场形式的，但某些情况下建聚合物想用联合原子力场，对GROMACS而言可以先建好模型然后在GMX中用pdb2gmx忽略H，在hdb和rtp中将原子类型定义成联合原子的。假如想在别的程序如M$中建模并使用或直接建成联合版本导出该如何操作？我想的是建全原子的单体，把甲基亚甲基的氢都删掉修改成联合原子结构，再用脚本建模建出来的聚合物就是联合原子结构的了。不知想法正确与否。另外在线生成top工具也可以提供单体的联合原子结构pdb和itp

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-9-6 08:04:06

我如果没记错，我记得是MS中把氢原子去掉，只剩下C 然后导出坐标，把质量设置加上H原子的即可。

tjuptz · 发表于 Post on 2019-9-6 09:43:39

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-6 08:04
我如果没记错，我记得是MS中把氢原子去掉，只剩下C 然后导出坐标，把质量设置加上H原子的即可。

谢谢~

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-9-6 10:38:13

tjuptz 发表于 2019-9-6 09:43
谢谢~

你可以试试，我记得师姐是这么做的。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-9-6 21:45:23

少年爱吃地三鲜发表于 2019-9-6 10:38
你可以试试，我记得师姐是这么做的。

你好借楼问一下联合原子力场和全原子力场主要有什么区别啊主要模拟的速度和精度的区别吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-7 02:36:17

土拔鼠发表于 2019-9-6 21:45
你好借楼问一下联合原子力场和全原子力场主要有什么区别啊主要模拟的速度和精度的区别吗？

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[综合交流] 求助：全原子结构转换联合原子结构的方法

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