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[ORCA] 利用ORCA5.0.1做钙离子及结合位点复合物的簇方法分析,一些疑问

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     老师们晚上好,这两天在用ORCA5.0.1做钙离子以及结合位点复合物的簇分析,参照社长博文 http://sobereva.com/597 对截断区加氢并固定,考虑溶剂效应,做几何优化。然而不管怎么调试,总是出现SCF不收敛的错误(如图)。     想请问一下社长,一般利用ORCA做簇分析,泛函基组应该选用什么级别的,才尽可能避免SCF不收敛的问题,又或者我这个结构有没有什么不妥之处,请老师们查看一下(结构是PDB里摘出来的,氨基酸也考虑实际质子化加氢了,应该没有什么不妥之处),以及输入文件有没有其他改进的地方。困扰了好久了,请各位老师指点一下!十分感谢!
    输入输出文件,结构,已上传。

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error.jpg

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发表于 Post on 2022-4-12 21:41:06 | 只看该作者 Only view this author
这不是SCF不收敛,而是OpenMPI报错。只有打印出很多行SCF能量结果,并且报错信息明确提到not converged之类字眼,才是SCF不收敛。
检查OpenMPI有没有安装对,并且按照https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566这个帖子里的回帖的方法依次尝试,如果这个主题帖里提到的所有方法都不行,再来问
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-13 01:18:17 | 只看该作者 Only view this author
你的结构很奇怪,明显分成两瓣
对于优化来说计算级别倒是没什么问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 09:01:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-12 21:41
这不是SCF不收敛,而是OpenMPI报错。只有打印出很多行SCF能量结果,并且报错信息明确提到not converged之类 ...

谢谢老师,我试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 09:04:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 uenh1998 于 2022-4-13 09:05 编辑
sobereva 发表于 2022-4-13 01:18
你的结构很奇怪,明显分成两瓣
对于优化来说计算级别倒是没什么问题。

我研究的是这样的结构,所以取簇的时候,才看起来是两瓣。

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发表于 Post on 2022-4-13 14:07:12 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2022-4-13 09:04
我研究的是这样的结构,所以取簇的时候,才看起来是两瓣。

取两瓣完全没必要,两部分又没什么相互作用,拿两部分研究和拿一部分研究得到的信息不会有差别,后者还便宜得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-13 15:03:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-13 14:07
取两瓣完全没必要,两部分又没什么相互作用,拿两部分研究和拿一部分研究得到的信息不会有差别,后者还便 ...

谢谢社长!取一瓣来研究,目前ORCA能跑起来了
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